שנת הלימודים תשע"ב נפתחה הבוקר (חמישי) גם במוסדות החינוך ברחבי יהודה ושומרון. למעלה ממאה אלף תלמידים חובשים את ספסליהם של מאות גנים, בתי ספר, ישיבות ואולפנות.
מנתוני הערכה ומדידה של המועצות ביו"ש עולה כי השנה ילמדו בבתי הספר היסודיים באזור למעלה מ-51 אלף תלמידים, לעומת 46 אלף בשנה שעברה. אל כיתה א' צעדו הבוקר כ-7,500 תלמידים - עליה של 600 תלמידים.
במועצת יש"ע הדגישו כי "על השמחה שבהתפתחות מערכת החינוך מעיבה העובדה כי רבים מהתלמידים נאלצים לחזור לבתים קטנים וצפופים שאינם מתאימים לאכלוס משפחה מרובת ילדים. זאת משום שממשלת ישראל אינה מאפשרת בניה טבעית ברחבי יהודה ושומרון מזה כמה שנים. על הממשלה לבטל את גזירת ההקפאה ולמלא את חובתה המוסרית כלפי התלמידים ומשפחותיהם".
בנוסף, ראויים לציון מיזמי חינוך רבים המשולבים במערכת החינוך ביהודה ושומרון. אחד מהם הוא פרויקט שילובן של תלמידות עולות מאתיופיה באולפנת להב"ה שבקדומים, שגדל השנה מ-120 בנות ל-140. תלמידות אלה, חלקן עולות חדשות שאך לפני חמש שנים עסקו ברעיית צאן בשדות אתיופיה, משולבות בכיתות רגילות ומסיימות את לימודיהן כשבחיקן תעודת בגרות, לעתים בהצטיינות יתירה.