דווקא המושג "שמים פתוחים" השגור בפי כל, עלול להוות בעיה בעתיד עבור מדינת קצה כישראל.
בטווח הקצר הדבר ייטיב עם הצרכנים, אך קיים חשש המתבסס על תקדימים אחרים בעולם, כי בעתיד ימצא עצמו השוק הישראלי שבוי בידי אחת מבריתות התעופה הבינלאומיות.
יוסי פתאל, מנכ"ל התאחדות סוכני נסיעות ותיירות בישראל, מסביר כי ההתאחדות תומכת במדיניות "השמים הפתוחים" ככלל, אך רואה חשיבות רבה בניהולה באופן מבוקר, שיבטיח קיום חברות התעופה הישראליות.
החשש המיידי הוא, שלאחר אישור ההסכם הצפוי עם האיחוד האירופי, פעילותן של חברות התעופה הישראליות תצומצם מאד והן עלולות אף להיעלם ממפת יעדי הטיסות לאירופה.
מצב כזה עלול לפגוע אנושות בחברות התעופה הישראליות ולהותיר את מדינת ישראל נתונה לחסדי בריתות התעופה הבינלאומית, אשר ימלאו את החלל הריק שיווצר בהיעדרן של חברות תעופה ישראליות."