אקוויפר ההר, המספק בממוצע 600 מלמ"ק בשנה, הינו מקור המים החשוב ביותר לישראלים ולפלסטינאים.
לשם השוואה, אגם הכנרת המרכז תשומת לב רבה כל כך במשך השנים, הוא מקור המים השני בחשיבותו ומספק כ-570 מלמ"ק של מים לצרכני המים במדינת ישראל (חלק קטן מכמות זו מועברת לירדנים מידי שנה במסגרת הסכם השלום בין המדינות).
שטח אגן ההיקוות של אקוויפר ההר הינו כ- 6,000 קמ"ר, כאשר 1,800 קמ"ר משטח זה מהווים את אזור ההזנה. מרבית המים לאקוויפר זה מוזנים מהגשמים היורדים בהרי יהודה והשומרון, אולם מקום נביעת המים מצוי ברובו מעברו המערבי של הקו הירוק.
כך מצויים מעיינות ירקון-תנינים כמעט כולם ממערב לקו הירוק, ומהם מסופקים כיום למעלה ממחצית המים המסופקים מאקוויפר ההר (340 מלמ"ק לשימוש הישראלים ו-20 מלמ"ק לשימוש הערבים-הפלסטינים).
מרשות המים נמסר, כי גשמי חודש פברואר הביאו לעליות ניכרות במפלס אגן ירקון-תנינים בשיעורים של 44 - 18 ס"מ: בצפון גבוה המפלס ב-220 ס"מ מהקו האדום, במרכז, גבוה ב-98 ס"מ מהקו האדום ובדרום האגן גבוה ב- 27 ס"מ מהקו האדום.
מימיו של אקוויפר ההר היו אחת מנקודות המחלוקת העיקריות במשא ומתן אשר התנהל בין ישראל והרשות הפלסטינית על הסכם הקבע, משא ומתן שכידוע הסתיים ללא תוצאות.
הפלסטינים טענו, כי מכיוון שמקור המים באקוויפר ההר הוא הגשמים היורדים בשטחם, הרי שהמים באקוויפר שייכים להם. ישראל טענה לעומת זאת, כי למעט תיקוני חלוקה מסויימים, יש להכיר בתוקפה המשפטי של "חזקת השימוש" של ישראל במימי אקוויפר ההר, חזקה שנקנתה עוד בשנותיה הראשונות של המדינה.