ידידיה גפן נולד בירושלים ביד' חשון תש"מ. הוא למד בביה"ס היסודי "מימון" בקרית משה שבירושלים. ידידיה היה חניך בסניף קרית-משה בבני עקיבא בשבט"אחדות" ומדריך שבט "נריה". לאחר סיום לימודיו ב"מימון", ידידיה עבר ללמוד בתיכון ע"ש "הימלפרב" בכיתת בית המדרש ובמגמת פיזיקה.

לפני הגיוס ידידיה טס לטיול של כחודשיים באירופה, הוא נהנה לראות מקומות חדשים ולהרחיב את אופקיו וביקר את בני משפחתו בצרפת. למרות שהתקבל לעתודה האקדמית ידידיה העדיף לשרת כחובש קרבי. לשאלה של חבר מדוע בחר להיות דוקא חובש, ענה: "כל הפק"לים הורגים,פק"ל חובש מחייה".

ידידיה התגייס לחטיבת גבעתי (במחזור מרץ 1998) ומיד יצא לקורס חובשים, הוא שרת בפלוגה הרובאית של גדוד רותם. בסוף המסלול זכה לתואר"מופת פלוגתי" ולא סיפר על כך למשפחתו ולחבריו. ידידיה היה בעל חוש צדק וביקורת מפותחים, שנינות וחוש הומור קולחים. הוא רכש חברים מכל קצוות הקשת החברתית והפוליטית.

ידידיה אהב להאזין למוזיקה מסוגים שונים ולנגן באורגן ובגיטרה, הוא אהב ספורט, צילום וקריאה. בין תכניותיו הרבות של ידידיה היו לטייל בעולם וללמוד רפואה.

בל' שבט תש"ס בעת פעילות שגרתית ליד מוצב כרכום שבלבנון, הופעל מטען על כח גבעתי שידידיה היה בו החובש, תוך כדי טיפול בפצועים ופינויים, החלה הפגזה כבדה על הכח, במהלכה נפצעו 7 לוחמים, חלקם קשה מאוד. למרות ההפגזה הכבדה המשיך ידידיה לעבור מפצוע לפצוע ולטפל בהם, תוך כדי הטיפול הוא נפגע ונהרג. על תפקודו במהלך הקרב קיבל ידידיה לאחר נפילתו את צל"ש אלוף פיקוד הדרום ותעודת הוקרה מקצין הרפואה הראשי. מטופליו בקרב חיים עמנו.

ידידיה הותיר אחריו הורים, אהרן וסימון, שלוש אחיות,אורית, רחל ונעמה ואח, חגי. בן 20 היה בנפלו.