משרד החינוך מתקצב דרך מפעל הפיס, בניית מוסדות לימוד חרדים למרות שאינם מלמדים מקצועות ליבה, ואינם נמצאים תחת פיקוח של משרד החינוך.
העיתון מעריב מדווח, כי במהלך העשור האחרון העביר משרד החינוך עשרות מיליוני שקלים לטובת הקמת מוסדות פטור חדשים או בניית כיתות במוסדות פטור קיימים.
בדיקה חלקית ביותר לגבי עשרה מוסדות שמשרד החינוך מימן באמצעות כספי הפיס בחמש השנים האחרונות מעלה כי הסכום עמד על 63.4 מיליון שקל.
כך לדוגמה, תלמוד תורה "תפארת התורה" בביתר עילית חנך בשנת 2007 כיתות לימוד בסכום של 8.3 מיליון שקל, ושנתיים מאוחר יותר בסכום נוסף של 12.5 מיליון שקל. בסך הכל: 20.8 מיליון שקל. המתחם שהוקם השתרע על פני שטח של 2,375 מ"ר. מימון כזה זרם בעשור האחרון אל תלמודי תורה ובתי ספר חרדיים יסודיים בירושלים, באשדוד, במודיעין עילית, בבני ברק, בפתח תקווה ועוד.
עוד נטען בדיווח, כי מוסדות הפטור החרדיים ממעטים, או אפילו מסרבים, ללמד את שיעורי הליבה ואינם כפופים לפיקוח של משרד החינוך. זאת בניגוד לרוב מוסדות החינוך של החינוך החרדי הנמנים עם הזרם "המוכר שאינו רשמי". אלה מתחייבים ללמד 75 אחוז מלימודי הליבה ולהיות כפופים לפיקוח משרד החינוך, ובתמורה זוכים לתקצוב של 100-75 אחוז לכל תלמיד לעומת החינוך הממלכתי, וכן לבניית המוסדות וכיתות הלימוד.
עם זאת, מוסדות פטור המכירים בקיומה של מדינת ישראל זוכים בתמורה לתקצוב של 55 אחוז לתלמיד. במשרד האוצר מגדירים מוסדות אלו "מוסדות שהוכרו על ידי מערכת החינוך כפטורים ממילוי התנאים הכלליים של מערכת החינוך ונקבעו להם תנאים מיוחדים הפוטרים אותם ממילוי הוראות חוק לימוד חובה".
ממפעל הפיס נמסר בתגובה: "ההחלטה איזה פרויקט ציבורי יוקם והיכן מתקבלת על ידי משרד החינוך במקרה של בניית כיתות וגני ילדים, ועל ידי הרשויות המקומיות במקרה של מבני ספורט, רווחה, תרבות ואיכות הסביבה. מפעל הפיס מעמיד את מקורות המימון להקמת הפרויקטים".
ממשרד החינוך נמסר בתגובה: "המשרד מתקצב בניית מוסדות חינוך ברחבי הארץ בהתאם לצרכים המוגשים למשרד החינוך על ידי הרשויות המקומיות, תוך מתן עדיפות ברורה לבתי הספר הממלכתיים".