בתגובה לפרסומים הבוקר על דבריו של שר הבטחון אהוד ברק מתוך עדותו בפני מבקר המדינה בפרשת הרפז ובו צוין שלדבריו ראש אמ"ן אינו מבין בסוגיות המודיעיניות, אומר שר הבטחון "כוכבי הוא איש מוכשר ביותר וראש אמ"ן מצוין, אזרחי המדינה יכולים לישון בשקט, או יותר בשקט, יש תמיד סיבות להיות מוטרד, אבל יותר בשקט כשכוכבי ראש אמ"ן"
הוא הסביר כי "יש הערכת אמ"ן שהיא נחשבת ונשמעת מאוד, יש לפעמים עמדת ראש אמ"ן שהיא איננה תואמת אפילו את עמדת אמ"ן, אבל היות והיא מנומקת בעומק ובהיגיון היא נשמעת ונשקלת גם היא".
לדבריו, "כוכבי מוביל את המערכות האלה להישגים יוצאי דופן גם במבצעים, בפעולות גם בהערכה ואפילו בתחומים כמו הסייבר. ואמ"ן שהוא באמת אי של מופת, איכות ומצוינות בתוך ההוויה של ישראל, ישנן שם כמה יחידות שהן האינקובטורים המובילים במציאות הישראלית של תעשיית ההייטק, ושל היזמות והרעיונות".
הוא ציין כי "במערכת הזאת יש גם צד נוסף שאותו אביב כמו אנשים אחרים שמגיעים אל אמ"ן מבחוץ, לוקח להם זמן לזהות. הצד הזה של מאבקי כוח יצריים, מכתבים אנונימיים, שקיים לא רק שם אבל גם שם – זאת ההוויה שהתכוונתי כשאמרתי שאותה אביב לא מבין".
עוד אמר כי "יש פה ניסיון להוציא דברים מתוך תמונת האמת שלהם,, והוסיף, "אני בטח לא יכול להלין על אביב. אני ביליתי את רוב חיי הצעירים במדים באמ"ן הרבה מאוד שנים. גם אני מודה, כאשר נחשפתי אל חלק מההתנהגויות שתוארו לימים או גולמו בפרשת הרפז, מצאתי את עצמי שאני מופתע מאוד, ומגלה בשלב מאוד מאוחר עד כמה האלמנטים הלא ראויים שהיו שם היו עמוקים ולא פשוטים במובן הזה גם אני שותף לאיטיות בהבנה".