צה"ל מברך על קיום ביקורת מטעם מבקר המדינה, מחויב לשיתוף פעולה מלא עם עורכי הביקורת, לומד ביסודיות את ממצאי הביקורת ומייחס חשיבות רבה לתהליך. כך נמסר מלשכת דובר צה"ל בתגובה לדו"ח המבקר העוסק בהיערכות לטיפול במשט המרמרה.
דובר צה"ל מדגיש כי "מיד לאחר המשט, ומבלי להמתין לכל גוף חיצוני, פעל צה"ל בצורה רחבה ומקיפה לתחקור מכלול ההיבטים מתוך שאיפה אמיתית ויסודית להפיק לקחים וליישמם במהרה. במסגרת זו, הופקו לקחים רבים וחשובים, בכל ההיבטים המרכזיים הקשורים להתמודדות עם משטים ומתוך ראייה רחבה ועתידית. מרביתם של הלקחים כבר יושמו, הלכה למעשה, בהתמודדות עם משטים נוספים שביקשו להפר את הסגר הימי שהוטל על רצועת עזה.
מעל לכל, הרי שועדת טירקל קבעה כי המהלך שנקט צה"ל היה מוצדק לפי כללי המשפט הבינלאומי ההומניטארי וכי תפיסתם של כלי השיט הייתה חוקית. כן קבעה הועדה, כי האימונים וההכנות שנעשו לקראת המבצע היו יסודיים מאוד וכי הצבתם של מפקדים בכירים מאוד בשטח, ובכלל זה מפקד חיל הים דאז, ממחישה את הרצינות הרבה שבה התייחס צה"ל למבצע כולו".
דובר צה"ל מתייחס גם להערות המבקר על התיאום עם גופי ההסברה הרלוונטיים הנוספים, צה״ל וחטיבת דובר צה"ל בכלל זה, ולדבריו אלה "פעלו בתיאום מלא ככל הניתן עם משרד החוץ ומשרד ראש הממשלה, מתוך גישה אחראית ואקטיבית".
באשר להערת המבקר על העיכוב בהודעת דובר צה"ל על המתרחש במהלך הפשיטה על המרמרה נמסר מדובר צה"ל כי הודעה זו "עוכבה לאור תהליך אישורים בין הדרג הצבאי למדיני והפצת התמונות מן הים התרחשה מאוחר מהמתוכנן בשל צרכים מבצעיים קודמים ותהליך האישורים שנדרש בצה"ל. לאור עיכובים אלה, שונו התהליכים הן בתוך צה"ל והן למול הדרג המדיני".
"יתר על כן, מיד לאחר המשט הופקו הלקחים בנוגע להעברת חומרים ויזואליים במהירות ולכך נרכשו אמצעים מתקדמים ותפיסת ההפעלה הותאמה", אומרים בצה"ל.