בשנת תשמ"ב הקים הרב אריאל את 'מכון המקדש' בירושלים, עמותה רשומה, אשר קיבלה על עצמה להגשים את משאת נפש העם לדורותיו לשוב לימי הזוהר של בניין המקדש. במסגרת זו שוחזרו שבעים מכלי מקדש, ביניהם; מנורת הזהב, שולחן הזהב, וכן את בגדי הזהב של הכהן הגדול. המכון מפעיל עשרות עובדים: חוקרים, ציירים, ארכיטקטים וצורפי כסף וזהב המשחזרים כלים על פי המקורות.
רבבות מבקרים מהארץ ומארצות העולם נוהרים לתערוכת המכון.
מכון המקדש מפעיל שלוחות, כגון 'מכון בית הבחירה', ובו צוות חוקרים המוציאים ספרים ומחקרים על המקדש וכליו. במסגרת זו ראו אור כארבעים ספרים בנושא המקדש.
בצד המכון פועלת 'המדרשה לידע במקדש' המביאה את דבר המכון בפני עשרות אלפי תלמידים בבתי הספר בארץ ובציבור הרחב.
פעילות המכון, בראשות הרב אריאל, הגבירה את המודעות למקדש בציבור, זאת, לאחר אלפיים שנות חורבן, ומגבירה את הכמיהה ואת הציפיה לבניינו במהרה בירושלים עיר הקודש והמקדש.