משפטו של הרב הראשי לישראל לשעבר, הרב אליהו בקשי דורון, נפתח הבוקר (ראשון) בבית המשפט המחוזי בירושלים. זו הפעם הראשונה בתולדות מדינת ישראל שבה רב ראשי לשעבר עומד לדין.
בישיבה הראשונה של המשפט הבוקר יצטרך השופט להכריע בבקשת סנגוריו של הרב בקשי דורון לקיים את המשפט במהירות האפשרית, זאת עקב מצב בריאותו של הרב.
כתב האישום נגד הרב אליהו בקשי דורון, הרב הראשי לשעבר, הוגש לפני כחודש לאחר שפרקליט המדינה הודיע לבאי כוחו של הרב כי החליט, על דעת היועץ המשפטי לממשלה, לדחות את טענותיהם בשימוע ולהגיש נגדו כתב אישום.
כתב האישום עוסק בחלקו של הרב בקשי דורון בפרשה שנודעה כ"תיק הרבנים", במהלכה הוצאו תעודות הסמכה כוזבות לרבנות, עבור למעלה מ-1000 אנשי צבא ומשטרה.
באמצעות התארים הכוזבים התקבלו במרמה מהמדינה באורח שיטתי מאות מיליוני שקלים כתוספות שכר שלא היה כל בסיס לשלמן (כזכור, כתב האישום בפרשת "תיק הרבנים" הוגש בנובמבר 2007 כנגד 10 נאשמים, והתיק עודנו מתנהל).
האישומים המיוחסים לרב בקשי דורון מתייחסים לפעולות שביצע במהלך כהונתו כרב הראשי לישראל, בעת שנשא בתפקיד "הראשון לציון" - ראש מועצת הרבנות הראשית לישראל (בשנים 1998-2003).
במסגרת חקירת הפרשה נחקר בשעתו גם הרב בקשי דורון (לרבות חקירה אחת באזהרה), אולם בסופו של יום הוחלט כי קיים ספק באשר למידת מעורבותו בפרשה והוחלט שלא להעמידו לדין.
במהלך ניהול התיק בבית המשפט נגד מעורבים אחרים, במסגרת פרשת התביעה, העיד הרב בקשי-דורון. במהלך עדותו מסר הרב בקשי דורון גרסה חדשה, שסתרה את הגרסה שמסר במסגרת חקירת המשטרה. הרב מסר בעדותו, כי הנחה את מנהל מחלקת הבחינות ברבנות הראשית "להעלים עין" ולהנפיק את תעודות ההסמכה שלא על פי הקריטריונים להוצאתן.
בעקבות העדות בבית המשפט הוחלט לחדש את החקירה נגד הרב בקשי דורון, ובוצעה השלמת חקירה במסגרתה אף נחקר הרב בקשי דורון פעמים נוספות באזהרה על ידי יאח"ה.
בחקירה המשלימה, חזר הרב בקשי דורון על גרסתו בבית המשפט. עוד עלה בחקירה המשלימה כי הרב היה מודע לנוסח הכוזב של התעודות היוצאות על פי הנחייתו.
מהחקירה המשלימה עלה כי בלא קשר לרמה התורנית הירודה והרחוקה במידה רבה מזאת הנדרשת לצורך מתן תעודות ההסמכה (טעם שעמד ביסוד התנגדותו לתוכנית בשלבים המוקדמים) היה הרב מודע גם לכך שהתעודות כללו פרטים כוזבים ביחס לכישורי התלמידים ומסלולי הכשרתם.
למרות זאת הנחה הרב להנפיק לשוטרים והנגדים תעודות הסמכה כוזבות על מנת שישמשו לצורך קבלת הטבות שכר מהמדינה. על יסוד מכלול הראיות שנאספו בתיק כאמור גובש כתב האישום נגד הרב בקשי דורון.
עו"ד ד"ר יעקב וינרוט ועו"ד ירון קוסטליץ, אומרים בתגובה לאישום, כי "מצער מאוד כי לאחר למעלה מחמש שנים אחרי שהפרקליטות הודיעה לרב בקשי דורון על סגירת התיק נגדו וכי לא יוגש נגדו כתב אישום, החליטה הפרקליטות עכשיו לשנות את עמדתה, ולהגיש בכל זאת כתב אישום נגד הרב בקשי דורון, שהוא בן 72 שנים, וזאת כ-12 שנים לאחר האירועים".
"לגופם של הדברים, הרי שאין יסוד כלשהו להעמדתו לדין פלילי של הרב בקשי דורון, לא נפל רבב כלשהו במעשיו, וגם הפרקליטות עצמה אינה חולקת על-כך שהרב בקשי דורון לא קיבל דבר לידיו. אנו סמוכים ובטוחים אפוא כי בית המשפט יזכה את הרב מכל אשמה", מוסיפים השניים, "נדגיש, כי העמדתו לדין של הרב בקשי דורון היא עוול חמור כלפי האדם היחיד שנלחם בכל מאודו בתופעת המכללות ללימודי אנשי כוחות הביטחון, ואשר עשה כל שביכולתו כדי שהלומדים במכללות לא יקבלו כסף שלא כדין מקופת המדינה".