סרטון שהופץ על ידי כוחות האופוזיציה מראה את המבנה והנזק הרב שנגרם לו לאחר שהאזור הופצץ בידי כוחות הצבא. בסרטון נראה גם שלט המוצב במקום, ובו נכתב כי זהו "בית הכנסת של אליהו הנביא".
גם בקרב שושלת בית אבוחצירה שוררת דאגה רבה לגורלו של ציונו הקדוש של אבי השושלת, רבי שמואל אבוחצירה זי"ע, אשר ציונו הקדוש נמצא במתחם בית הכנסת.
על פי המסורת של יהודי סוריה, בית הכנסת שברובע ג'ובאר נבנה לזכרו של אליהו הנביא. המקום נחשב לאחד המקומות המקודשים ביותר ליהודי סוריה, משום ששם, על פי המסורת, משח אליהו הנביא את תלמידו אלישע לנביא.
במרכז בית הכנסת מצבת אבן ענקית מגודרת, ועליה כיתוב בשלוש שפות: בעברית, בערבית ובאנגלית: "בזה המקום נמשח הנביא אלישע בן שפט על ידי אליהו הנביא ז"ל ש' ג"א מ"ג ליצירה" (שנת 3043 לבריאת העולם).
סביב בית כנסת נבנו חדרונים קטנים רבים, כאשר על פי המסורת כל אחד שהיה חולה היה נכנס לאחד מחדרים אלו והיו בני הקהילה מכניסים לו אוכל ושתיה, ולאחר כמה ימים היה יוצא משם בריא כיום היוולדו. בפינת החצר קברו של רבי שמואל אבוחצירא. על קברו אין כל סימון או מצבה, אבל המקום מקודש אצל בני הקהילה כמקום שראו בו ישועות ונפלאות.
רבה של יהדות סוריה בישראל, הרב אברהם חמרה אמר אמש בשיחה כואבת לכתב העיתון החרדי 'המבשר' כי "אנו עדיין בהלם מהמידע ועוקבים אחר ההתפתחויות. אם אכן הדיווח אמיתי כפי שכך נראה מהחומר שפורסם, לא ניתן לתאר את הכאב העצום. מדובר בחורבן הבית של מסורת יהדות סוריה, שכן בית הכנסת בג'ובאר התקדש בקדושה עליונה ובמשך דורות מהווה האתר המקודש ביותר ליהודי סוריה באשר הם".