ראש הממשלה בנימין נתניהו הביע צער עמוק על פטירתו של הרב. "שמעתי ביגון כבד על לכתו של הרב הראשון לציון הרב עובדיה יוסף, מגדולי הפוסקים בדורנו".
נתניהו סיפר כי "הרב עובדיה היה ענק בתורה ובהלכה ומורה דרך לרבבות. הוא פעל רבות להאדרת המורשת ישראלית, ובה בעת פסיקותיו התחשבו בתמורות הזמן ובמציאות החיים המתחדשת במדינת ישראל. הוא היה חדור באהבת התורה והעם".
ראש הממשלה הודה, "הערכתי מאוד את אישיותו הלבבית ואת דרכו הישירה. בפגישותיי עמו תמיד החכמתי ולמדתי. עם ישראל איבד את אחד מחכמי הדור. אני שולח את תנחומי למשפחתו, לתלמידיו ולמוקירי דרכו הרבים".
יו"ר סיעת הליכוד, ח"כ יריב לוין, אמר "סיעת הליכוד קיבלה בצער עמוק את הידיעה על פטירתו של אחד מחכמי וגדולי הדור. זוהי אבדה גדולה לכל עם ישראל. אנו שולחים את תנחומינו למשפחתו ולכל מוקירי דרכו".
שר הבינוי והשיכון אורי אריאל אמר עם קבלת ההודעה על פטירת הרב, "ציון במר תבכה וירושלים תתן קולה. עם ישראל כולו מבכה את לכתו של מרן גדול הדור הרב חיים עובדיה יוסף זצוק״ל. היה גדול הפוסקים ומורה ההוראה בדורנו שהקדיש חייו למען תורת ישראל ועם ישראל".
ח"כ שולי מועלם רפאלי (הבית היהודי) הביעה צער כבד על פטירתו של הרב עובדיה יוסף."זהו יום עצוב לעם ישראל, אובדן לאומי של אחד מגדולי הדור. עולם התורה איבד היום את אחד מעמודי התווך. הרב עובדיה יוסף יזכר לנצח כמוביל וכפורץ דרך לציבור רחב, אישיות ציבורית שהשפיע על חיי כולנו במדינת ישראל. אני שולחת את תנחומיי לכל משפחת יוסף" .
סגן השר הרב אלי בן דהן אמר כי "פסיקותיו ספריו ותשובותיו הרבים החזירו עטרה ליושנה וזקפו את קומתם של בני הספרדים בעולם כולו. בטוחני שפסקיו ותשובותיו יהיו נר לרגלי תלמידי חכמים ועם ישראל כולו לדורות הבאים. ברוך דיין האמת".
שר התשתיות הלאומיות, האנרגיה והמים סילבן שלום אבל על מותו של הרב עובדיה יוסף, "הרב עובדיה יוסף היה מענקי התורה, מנהיג רבני ופוסק הלכתי מהגדולים והחשובים שהיו לעם ישראל. בפגישותיי עימו התוודעתי באופן אישי לחוכמתו האדירה ולידע התורני הנדיר שאגר בתוכו. עם ישראל אבל על רב דגול שנודע בפסיקותיו החדשניות, המהפכניות והמקרבות. יהי זכרו ברוך", אמר שלום.
ח"כ משה פייגלין אמר "מלבד היותו של הרב עובדיה יוסף גדול תורה וגאון הלכתי בקנה מידה הסטורי, מדובר במנהיג אמיץ ופורץ דרך שידע להתחבר ולדבר לשכבות רחבות של עמך ישראל וקבע עבורם סדר-יום שונה לחלוטין מזה שהיו רגילים אליו".
"המהפכה שהצליח הרב עובדיה לחולל בחייו הגיעה לכל עיר ולכל שכונה בישראל והוציאה רבבות ממעגלים של מצוקה ובורות וקבעה עבורם סדר יום של חיבור למסורת, קיום מצוות, לימוד תורה ותפילה.הרב עובדיה חולל מהפכה רוחנית וחברתית. פעילותו הרימה מאשפות ציבור ענק שהרגיש מנותק ומנוכר ונתנה לו מקום של כבוד, שייכות ותרומה. אין ספק שעם ישראל איבד היום את אחד ממנהיגיו החשובים והגדולים בדורות האחרונים".
השר עמיר פרץ מוסר את תנחומיו למשפחת הרב עובדיה יוסף ולקהל חסידיו ותלמידיו ומשתתף בצערם, "האבל על מותו של הרב עובדיה יוסף הוא עמוק ונוגע לציבור רחב מאד בישראל. הרב יוסף, מגדולי המנהיגים הרוחניים של החברה בישראל, ידע לפלס דרך לליבם של אזרחים מכל שכבות העם, חיזק תמיד את המאבקים החברתיים ואת הזכות להתפרנס בכבוד ולהזדקן בכבוד ולא חשש להציג עמדות מתונות למען השלום גם בזמנים קשים".
שר התחבורה, ישראל כ"ץ, אמר "ישראל נפרדת היום מרבה ומורה, מפוסקי ההלכה החשובים בדורות האחרונים, הרב עובדיה יוסף. לא בכדי נשא הרב את התואר 'מר"ן' והוכר כגדול הדור. פסיקותיו והלכותיו מלווים ועוד ילוו אותנו דורות רבים. הוא זכה להערכה והוקרה בציבור כולו ולכתו תותיר אחריו חלל גדול. יהי זכרו ברוך".
ריבלין הוסיף, "הרב יוסף היה מנהיג קרוב לעמו ומדבר בלשונו, שמעולם לא הסתגר מאחורי עוצמתו התורנית וגדולתו הרבה, ולא שמר על מרחק מהעם וממצוקותיו וצרכיו. פסיקתו היתה פסיקה מנהיגותית, מלומדת ומעמיקה, שלא חששה מחדשנות ולא חששה להתמודד עם האתגרים המשתנים של החברה הישראלית. כך עשה בעניין יהדות אתיופיה וכך במצוקת העגונות. הרב יוסף הגשים את חזונו של מנחם בגין לחבר את ישראל השניה למעגלי ההשפעה והשותפות בחייה של מדינת ישראל ויצר מהפכה אמיתית בחברה. הרב יוסף ייזכר, בקרב מעריציו ומתנגדיו, כמנהיג גדול שהטביע את חותמו בשדה ההלכה ולא פחות מכך בפוליטיקה ובחברה".
ממועצת יש"ע נמסר , "הרב פעל כל חייו למען הנחלת התורה בעם ישראל ולשמירה על המסורת היהודית. עם ישראל איבד גדול בתורה ואחד מחשובי הפוסקים בדורות האחרונים, ענק בהלכה וברוח. ברוך דיין האמת".
ראש העיר ירושלים ניר ברקת, ותושבי העיר, אבלים על פטירתו של הראשון לציון, הרב עובדיה יוסף, נשיא מועצת חכמי התורה ומנהיג תנועת ש״ס.
ראש העיר ברקת אמר, "הרב עובדיה יוסף, היה חלק מנופה של ירושלים בדורות האחרונים, אישיות דגולה וחוצה מגזרים, מנהיג רוחני ופוסק הלכה לרבבות בעם ישראל ובעולם כולו. ירושלים אבלה יחד עם כל בית ישראל ושולחת תנחומים למשפחתו".
"בחודשים הקרובים תמצא עיריית ירושלים את הדרך הראויה להנציח את זכרו בעיר ירושלים בה חי ופעל", הוסיף ברקת.
ח"כ הרב דב ליפמן אמר "יום עצוב לעם ישראל. הרב יוסף זצ"ל היה יחיד בדורו, מנהיג של מאות אלפים ופוסק שאין שני לו. הרב יוסף זצ"ל, ענק בתורה וזוכה פרס ישראל, השאיר מאחוריו מורשת הלכתית עשירה ומתחשבת שתמשיך להיטיב עם עם ישראל עוד שנים רבות. אני שולח את תנחומיי למשפחתו ותלמידיו. יהי זכרו ברוך"