עם חידוש המשא ומתן המדיני טענה ישראל כי לא הוסכם על כל הקפאת בנייה ביו"ש. אולם כעת מתברר כי הסכמות על הקפאה שקטה היו גם היו.
העיתון "בשבע" מדווח הבוקר, כי מאז פתיחת המשא ומתן בין ישראל לפלשתינים נמנע המנהל האזרחי ביהודה ושומרון מלקדם תכניות בנייה ביו"ש. תכניות בנייה שכבר אושרו אכן לא הוקפאו, אך הקפאת ההליכים התכנוניים צפויה לפגוע קשות בפיתוח העתידי של ההתיישבות.
גורמים ששוחחו לאחרונה עם זאב חבר (זמביש), מזכ"ל תנועת ההתיישבות 'אמנה', מוסרים כי לדבריו הונחו הדרגים המקצועיים במנהל האזרחי להטעות את המתנחלים ולתלות את עיכוב התכניות בבעיות טכניות. חבר רואה בהקפאת התכנון פגיעה חמורה יותר מהקפאות הבנייה שהיו בעבר, מכיוון שללא תכנון והוצאת אישורי בנייה תיבלם לחלוטין הבנייה בעתיד.
נציין כי המוסד התכנוני העוסק בבנייה ביו"ש הוא מועצת התכנון העליונה, הפועלת במסגרת המינהל האזרחי. מועצה זו דנה בתוכניות ומאשרת אותן אישור ראשוני. ועדת משנה שלה דנה בהתנגדויות, ובמידה והן נדחות - היא זו שמוסמכת לפרסם את התוכניות באופן סופי. אולם ביהודה ושומרון, בניגוד למתרחש בתחומי הקו הירוק, מותנית התקדמות התכנון בחתימת הדרג המדיני. מאז פתיחת המשא ומתן, גם תוכניות שקיבלו בעבר חתימה של שר הביטחון המאפשרת לקדמן עד לשלב הפרסום הסופי מעוכבות בדרישה לאישור נוסף מהדרג המדיני. בנוסף לכך מעכב המינהל, בהוראת משרד ראש הממשלה, גם שלבים טכניים כמו קביעת מועדי דיונים וכדומה.
גורמים בהתיישבות טוענים כי פעולה זו מנוגדת להסכמות שקטות שהושגו בממשלה ערב פתיחת המשא ומתן. לפי אותן הסכמות, תוכניות שנמצאות בהליכי אישור בכל שטחי יו"ש ותוכניות חדשות לבנייה בגושי ההתיישבות לא תעוכבנה. אישורן של מספר תכניות התאפשר בכל זאת בצמוד לפעימה השנייה של שחרור המחבלים, אז הוחלט בדרג המדיני לאשר סופית כמה תכניות ולאפשר קידום מסוים של תכניות אחרות.
גורמים בהתיישבות טוענים כי בירור שנערך מגלה שהעומד מאחורי ההנחיה לעכב את הליכי התכנון הוא ראש המטה לביטחון לאומי היוצא, האלוף (מיל') יעקב עמידרור.
במינהל האזרחי ובמפקדת מתאם פעולות הממשלה סירבו לאשר או להכחיש את קיומה של הקפאת הליכי התכנון והפנו אותנו לדרג המדיני. ממשרד ראש הממשלה, אשר המטה לביטחון לאומי כפוף אליו, לא הגיעה תגובה עד למועד סגירת הגיליון.