חבר הכנסת לשעבר, הד"ר מיכאל בן ארי, תוקף את בית הדין הצבאי שהרשיע את סגן אלוף שלום אייזנר בעבירות של חריגה מסמכות והתנהגות שאינה הולמת, בעת שהתמודד עם פרובוקציה של פעילים זרים ופלסטינים סמוך ליריחו.
"צה"ל בגד בשלום אייזנר", אמר בן ארי, "הפרקליט הצבאי שיושב במשרד, מדושן ומקודם בדרגותיו, הגיש כתב אישום נגד הקצין שביצע משימה ולא ברח. צה"ל הדיח קצין מסור שהקדיש את מיטב שנותיו להגנת המדינה ועוד העניש אותו בעונש משפיל של חודשי שרות".
בן ארי מתח ביקורת על החלטת צה"ל לשחרר את אייזנר משירות הקבע. "מעכשיו כל קצין שרצה קידום, יברח מהזירה, יתן לאויב להשתולל על הכביש ולכבוש את הארץ שלנו. בשבילי סגן אלוף אייזנר הוא גיבור. הוא חייל מסור שנבגד".
במסגרת הסדר טיעון שנחתם עם אייזנר, הוא הורשע בעבירות של חריגה מסמכות והתנהגות שאינה הולמת. סגן אלוף אייזנר יירצה חודשיים עבודות שירות, חודשיים של מאסר על תנאי וישוחרר משירות צבאי.