הביקורת החריפה של ראש מכינת עלי, הרב אלי סדן, נגד מסלול ההסדר, גררה מכתב מחאה מצד רבנים בכירים בישיבות ההסדר.
נזכיר כי בשיחה שהעביר הרב סדן ותוכנה פורסם בעלון השבת "שביעי", טען הרב כי ישיבות ההסדר מזלזלות בצה"ל. כך לדוגמא אמר ראש המכינה בעלי כי "אם אתה מחליט לעשות צבא מהצד אז זה בסדר, בהסדר עושים צבא מהצד, הצבא לא מעסיק אותם. מעסיק אותם 'החיים' כי הם מתחתנים בתוך ההסדר והצבא זה רק מה חובתי, אז הוא לא תופס מקום והם ממשיכים הלאה".
העיתונאי יש פרידמן פרסם הערב (חמישי) בבלוג האישי שלו את תוכן המכתב שנשלח אל הרב סדן מטעם רבנים בישיבות ההסדר- הרב חיים דרוקמן, הרב שמואל הבר, הרב יהושע וייצמן, הרב אליהו בלומנצוייג והרב דוד פנדל.
"שמענו את הקלטת דבריך ואנו מוחים על הנאמר", פתחו הרבנים את מכתבם. "הפרטים שמסרת בשיעור באשר לישיבות ההסדר אינם נכונים, לא בעניין מספר חודשי השירות ולא במועדי הגיוס. מעבר לפרטים השגויים, באמירות החמורות והלא הנכונות על 'הזלזול בצבא בישיבות ההסדר' יש נזק ופגיעה קשה במפעל ישיבות ההסדר, במיוחד שהדברים נאמרים בעת שיש מאבק ציבורי כנגדו".
"כרב וכאיש חינוך, אנו מצפים שתעסוק בחיזוק דרכך החינוכית ולא בפגיעה במסגרות אחרות הבונות את עולם התורה במדינת ישראל", כתבו הרבנים.