היועץ המשפטי לממשלה אמנם החליט להגיש נגדו כתב אישום, אך הרב יאשיהו פינטו לא אומר נואש והוא עושה כל שביכולתו כדי לשמר את גרעין המאמינים שהצטבר סביבו במרוצת השנים.
במכתב שהפיץ לתלמידיו בשעה האחרונה התייחס הרב פינטו לפרשה ולהחלטת היועץ המשפטי ואמר כי אין מנוס מלהתחזק בעבודת ה'.
"אנו, העם היהודי, בני אברהם אבינו אבי האומה, נועדנו לעבור בעולם הזה עשרה ניסיונות קיומיים. החיים מספקים לנו אין ספור ניסיונות, חלקם קיומיים, וחלקם יום-יומיים המלווים אותנו בכל צעד ושעל.
"הניסיונות הקיומיים" אומר הרב, "הקשים יותר, הם כאשר האדם מרגיש כי כל הדרכים חסומות בפניו, ולכל אשר הוא פונה אין ה' מצליח בידו, רחמנא לצלן".
בדבריו התייחס הרב לפרשה ואמר כי "בחמש שנים האחרונות נגזר עלינו להתמודד עם ניסיון קיומי יום-יומי. עברנו ימים קשים מנשוא, ולולא הקב"ה שהיה מלווה אותנו על כל צעד ושעל וזכות אבותינו הקדושים, היינו כבר מרימים ידיים. עדיין לא הגיעה השעה לספר את כל הסבל שעבר עלינו ועל משפחותינו, אך עוד תגיע השעה בה נספר את הדברים שישמרו לדור אחרון. תצילנה אוזניים מלשמוע את כל המאורעות שעברו עלינו, אך עדיין לא הגיעה השעה לפרט את הדברים".
"בימים אלו ממש, הופך הניסון קשה יותר, והנסיונות המונחים לפתחנו משמעותיים יותר וקשים יותר, אך הרוח והנצחיות חזקה מכל אלו. יכול נוכל להם בעז"ה, וסוף האמת לצאת לאור ולהצדיק את הצדיק".
בשלב הזה מבקש הרב פינטו מחסידיו להתחזק בעבודת ה'. "באיגרת זו אני רוצה לקרוא אליכם, אהובי היקרים, לעמוד בניסיונות ולעשות הכל בכדי להתחזק מהם. הבוטח בה' חסד יסובבנו, ככל שהניסיונות הולכים ונעשים קשים יותר, אנו צריכים יותר לדבוק בהקב"ה, ולהסיר מאיתנו חשבונות צדדים. הבה נאזור עוז כולנו, אחים רעים אהובים, להרבות בשמחה בימי חודש אדר המסוגלים לישועה, כאשר יודעים אנו ומאמינים כי השמחה האמיתית היא זו הרוחנית והטהורה. הדבק בשמחה רוחנית, בקיום מצוות ואהבת חסד, זוכה ורואה את ישועת ה' עין בעין.
ובאשר למוסדות מרגיע הרב ואמר כי הם ימשיכו לפתוח שעריהם לכל דיכפין. "הרשו לי נא להוסיף ולהבטיח נאמנה: ביתנו וחצרות קדשנו ימשיכו להיות פתוחים בפני כל מבקש, יהיה מעמדו ומצבו אשר יהא. "שובה ישראל" היא ישיבתו של עם ישראל כולו, והיא פתוחה בפני כל אחד ואחד מעמנו! זכינו להיות נצר והמשך למשפחות אשר חרטו על דגלן נתינה לכל יציר נוצר בלא לבדוק בציציותיו, ואנו רואים בזו זכות וחובה נצחית ושורשית. משום כך, נמשיך להאיר פנים ולהעניק תמיכה לכל המבקש והנצרך, כי הם חיינו.
"בתי מדרשותינו, בתי התמחוי ומוסדות הלימוד המופעלים על ידינו בכל העולם, ימשיכו לחבק את כל הבאים בשעריהם, גם אלו שהחברה החיצונית לא האירה להם פנים. "שובה ישראל" תעניק להם מעמד נכבד, ותתן להם מה שיבקשו, באהבה אמיתית, אהבת ישראל. אין לנו כל ספק, ובטוחים אנו כי כל השמועות הרעות המסתובבות בחוצות לא יפילו שערה מראשנו ארצה, ומענין זה נצא בס"ד מחוזקים ועצומים יותר.
"אחי ורעי, העוסקים על ידינו במלאכת הקודש לחיזוק הישיבות ומפעלי החסד, עושים הכל לחיזוק והרחבת המפעלים הקדושים, וסמוכים אנו בזכות אבותינו הקדושים, כי זכות החסדים והרבצת התורה יעמדו לנו לאלף המגן".