יממה לאחר השתלטות לוחמי חיל הים על אוניית הטילים, מעריכים גורמי מודיעין בצה"ל שחשיפת הספינה עוד בטרם פרקה את תכולתה הובילה לפתיחת חקירה וזעם בקרב משמרות המהפכה באיראן ובראשם כוח "אל קודס" על הסיבות שגרמו לכישלון ניסיון העברת הנשק.
בערכת הביטחון מעריכים כי פעילות איראנית בציר הדרומי תיעצר בחודשים הקרובים אך לא מן הנמנע כי בצירים אחרים ימשיכו האיראנים לעשות כל מאמץ כדי להעביר את חומרי הלחימה שלהם לידי ארגוני הטרור.
קצין בכיר בצה"ל אומר כי קיימת מתיחות בין נשיא איראן חסן רוחאני לבין מפקד כוח קודס, קאסם סולימאני. זאת, כיוון שהנשיא רוחאני מתנגד נמרצות למהלכים מעין אלו והוא רואה את ענייני העם והכלכלה בראש סדר מעייניו. הקצין מעריך שעל פי גישתו של רוחאני וזריף, שר החוץ האירני, הם עשויים לפגוע במאמץ להגיע להסכם עם המערב בעניין תוכנית הגרעין.
בתשובה לשאלה בדבר המעורבות האמריקנית בפעולת הקומנדו הימי אומר הקצין כי האמריקנים עודכנו מבעוד מועד בפרטי המבצע, אך לא לקחו חלק פעיל באיסוף המידע.
קצין בכיר בחיל הים אמר בצהרים כי ספינות חיל הים המלוות את אוניית המשא שנתפסה משייטות כרגע במרחק של כ-500 מייל מחופי ישראל, וכי לפני היציאה אל הים נשקלו כלל האפשרויות לסיכול הברחת הנשק לרצועת עזה. בסופו של דבר הוחלט לבחור בערוץ הימי מבין כל דפוסי הפעולה האפשריים.
לדברי הקצין, "עיקר הקושי היה לאתר את הספינה בלב ים במרחק של אלפי מילים, וזה היה כמו לאתר מחט בערימה של שחת. לקחנו גם בחשבון סיכונים של ההתגלות ושל המרחק הרב מחופי ישראל", הוא אומר.
הקצין הבכיר התייחס לתרחישים השונים להם נערכו לוחמי חיל הים, בפיקודו של מפקד החיל האלוף רם רוטברג ומפקד השייטת. "נערכנו לתרחישי קיצון, כגון ספינה עם חומרי נפץ, מחבלים מתפוצצים, כולל מלכודים על הספינה, ולכן התלוו אלינו מומחים לסילוק פצצות ומגוון עצום של לוחמים וכלים מסוגים שונים, בהם שתי ספינות טילים, מסוק וספינות מהירות ויעילות".
באשר לעיתוי ומיקום הפעולה אומר הקצין, כי עיתוי העליה לאונייה נבחר בהקשרים שונים כולל גובה הגלים. "חששנו שהצוות של הספינה יחשוב שאנחנו פיראטים, ולכן הזדהינו כבר מההתחלה כצבא ההגנה לישראל, וכשהקפטן הביט ימינה ושמאלה הוא ראה שתי ספינות טילים של חיל הים, כולל כלי שיט נוספים, מדובר היה בעוצמה שהוא לא היה יכול לסרב לה, ולכן העלייה לאנייה הייתה שקטה".
הקצין סיפר כי לקפטן הטורקי ולשאר אנשי הצוות לא הייתה ידיעה על כך שיש אמצעי לחימה בבטן האונייה.