ועדת החקירה הפרלמנטרית לנושא משק המים המליצה להתקין תקנות שעת חירום לתקופת ביניים של שלוש שנים, שיסמיכו את נציב המים לנקוט את כל הצעדים הדרושים לצמצם את ההפקה, את האספקה או את הצריכה של מים ממקורות שונים או ממקור מסוים, וכן הוא יוסמך להנפיק רשיונות הפקה חדשים שיאפשרו לו לשנות בהליך מהיר את הרשיונות הקיימים.

בתקופת הביניים, האמורה להסתיים בפברואר 2005, אמורים להתחיל לפעול מתקני ההתפלה שנמצאים כיום בהקמה, בהיקף ייצור מתוכנן של 400 מיליון מטרים מעוקבים בשנה. עם זאת הוועדה סבורה כי הממשלה לא תעמוד ביעד הזה, וכי ההתארגנות להתפלה בהיקפים הללו תמשך עד ינואר 06\'.

בהמלצות הוועדה נאמר עוד כי אחד הגורמים של המחסור המתמשך במים הוא ריבוי הגופים המטפלים במשק המים, ריבוי הפוגם בתהליך קבלת ההחלטות. לפיכך המליצה הוועדה להקים רשות עצמאית למים, שתרכז את כל הסמכויות בעניין זה, המפוזרות במשרדי ממשלה שונים. האחריות המיניסטריאלית תישאר בידי שר התשתיות, ובשעת חירום ישתתף גם ראש הממשלה כבעל סמכות בעניין.

על פי ההצעה תבחר הממשלה את נציב המים על פי המלצת שר התשתיות הלאומיות לתקופת כהונה בת שבע שנים. בתנאים מיוחדים תוכל הממשלה להאריך תקופה זו.

סמכויות נציב המים יהיו, בין היתר, אחריות כוללת לזמינות מים לכלל האוכלוסייה, שימור מקורות המים הטבעיים, תכנון מקורות המים ופיתוחם, קביעת מכסות הפקה שנתיות לכלל מקורות המים הטבעיים ולכל מקור בנפרד, התערבות בהסדרי האספקה במצב מחסור, תוך כדי מתן עדיפות לאספקת מי שתייה וקביעת אזורי אספקה בכל שטחי המדינה, וספקי מים בכל אזור.

כתב עתי\"ם מציין כי לצורך מימוש ההמלצות הללו המליצה הוועדה על שורה של שינויים בחקיקה בנושא המים.

באשר לחברת \"מקורות\" המליצה הוועדה לחזק את החברה ולאפשר לה מיצוי הפוטנציאל בהפקה, בהולכה ובהשבה של מים.

הוועדה המליצה לבחון מחדש את בניית המוביל המזרחי להולכת מי קולחין ממרכז הארץ לדרומה, כפי שתכננה חברת \"מקורות\".

הוועדה קבעה כי הרפורמה במים לחקלאות היא נכונה, אך כי יישומה תלוי בכך שהפיצוי לחקלאים בערכים ריאליים יעוגן בחקיקה ראשית.

הוועדה המליצה גם על שורה של צעדים שצריכים אזרחי ישראל לנקוט לשם חיסכון במים, כגון תמריצים לחוסכים במים, נקיטת סנקציות חריפות כלפי מי שמבזבז מים וחינוך לחיסכון במים באמצעות מערכת החינוך. כמו כן תעודד נציבות המים התקנת אביזרים חוסכי מים למערכת הברזים, וכן תעודד פיתוח טכנולוגיות של שימוש חסכוני בסמים ושל בניית \"משמרת מים\", והפצתן של טכנולוגיות אלה.
נציבות המים והרשויות המקומיות יעודדו מעבר מגינון \"זולל מים\" לגינון המותאם לתנאי הארץ.

כתב עתי\"ם מוסיף כי הוועדה ממליצה לאמץ את התכנית שהכין אגף התכנון של נציבות המים, תוכנית הקוראת להגיע לכושר התפלה של קרוב ל-500 מיליון מטרים מעוקבים עד שנת 2010. כמו כן תומכת הוועדה בכל התכניות להתפלת מים מליחים בכל מקום שבו הדבר כדאי מבחינה כלכלית. הוועדה המליצה לטפל בדחיפות בנושא טיהור מי שופכין, הקמה והפעלה של מערכת שתוליך את מי הקולחין לאזורים שבהם אפשר להשתמש בהם או לאגום אותם ולהביא להתקנת תקנות בעניין איכותם.
נציין כי הוועדה החליטה שלא להמליץ דבר בעניין יבוא מים מתורכיה, מכיוון שהחלטת הממשלה מחודש אפריל 2002 לייבא 50 עד 100 מיליון מ\"ק של מים התבססה בעיקר על מניעים הקשורים ליחסי החוץ של ישראל.