ששה חודשים חלפו מאז הסתלק מנהיגה הרוחני של ש"ס, הרב הגאון עובדיה יוסף זצ"ל, וש"ס בוחרת מנהיג חדש: ראש ישיבת פורת יוסף, הרב שלום כהן.
מדובר במינוי צפוי שכן הרב כהן הוא המבוגר מבין ארבעת חברי מועצת חכמי התורה הנוספים: הרב בעדני, הרב מאיה, והרב דוד יוסף (שהתמנה לתפקיד לאחר פטירת אביו), ואף נחשב לבכיר מבין שלושתם בהיותו עומד בראשות ישיבת הדגל של הציבור הספרדי, פורת יוסף.
הרב שלום כהן הוא אף הוותיק מבין שלושתם החבר במועצת חכמי התורה של תנועת ש"ס.
ולמרות שמדובר היה במינוי צפוי, גורמים בש"ס טוענים בשיחה עם ערוץ 7 כי מי שעמד מאחורי המינוי הרשמי הוא יו"ר המפלגה אריה דרעי, זאת כדי לבסס את מנהיגותו מתוככי המפלגה וכדי למנוע מאלי ישי לתכנן את הפיצול האפשרי במפלגה בבוא היום, לקראת הבחירות הבאות.
"זהו מינוי מובהק של אריה דרעי שמבקש לבסס את מנהיגותו במפלגה וללכד את השורות סביבו באמצעות מנהיגות של יחיד", אומר גורם בש"ס. "כך הוא מבקש למנוע מאלי ישי לתכנן את הפיצול העתידי".
"אין זה סוד שבסביבת אלי ישי נפל דבר. הוא אינו מקבל את מרותו של דרעי ומבחינתו הוא רק מחכה לעיתוי המתאים. הוספת הרב דוד יוסף למועצת חכמי התורה, וכעת הכתרת הרב שלום כהן למנהיגה הרוחני של התנועה, עשויים להקשות עוד יותר על אלי ישי ולחשק אותו סביב ההנהגה הפוליטית הקיימת".
בחודש יוני 2013 עלה לכותרות שמו של הרב כהן, כשכינה את אנשי הציונות הדתית "עמלקים". בדרשתו של הרב עובדיה יוסף במוצאי שבת אמר הרב כהן כי "כתוב מלחמה לה' בעמלק. אין הכסא שלם כל עוד שיש עמלק. כס זה כיפה סרוגה. כל עוד שיש כיפה סרוגה, אין הכסא שלם! זה עמלק... מתי יהיה הכסא שלם? כשאין כיפה סרוגה... אלה יהודים אלה?".