גורמים מדיניים בכירים מסרו כי ראש הממשלה שרון רצה שכוחות צה\"ל יגרמו לנזק רב יותר למתחם השלטוני של ערפאת מכפי שנגרם אולם התנגדותו של שר הבטחון שהתקבלה לבסוף, מנעה את תוכניתו.
הגורמים מסרו כי בכוונת שרון היה להרוס יותר מבנים במתחם כולל כאלו הנמצאים סמוך מאד למשרדים של ערפאת. על פי הגורמים התנגד שר הבטחון לתוכניתו של שרון בטענה שפעולה כזו תביא להתמקדות בינלאומית במצבו של ערפאת במקום באחריותו לפיגועים. כמו כן טען בן אליעזר כי סמיכות קרובה מדי לערפאת עלולה לסכן את חיילי צה\"ל.
כוחות חי\"ר, שריון והנדסה של צה\"ל נכנסו לפנות בוקר לרמאללה. כוחות חי\"ר, טנקים ודחפורים פרצו תוך כדי לחימה למתחם המוקטעה, פוצצו כמה מבנים, וכיתרו את ערפאת באחד המבנים. אין נפגעים לכוחותינו. חיילי צה\"ל הצליחו להרוג אחד משומרי ראשו של ערפאת וששה נפצעו, חלקם באורח קשה. כוחות צה\"ל יצאו הבוקר מרמאללה לאחר שסיימו את פעולתם.
סמוך לשעה שתיים אחר חצות נכנסו כוחות צה\"ל לרמאללה. עם הפריצה למוקטעה, התפתחו חילופי אש. טנקים ירו אש מקלעים ופגזים אל המתחם. מחבל אחד נהרג וכמה נפצעו. ערפאת עצמו לא נפגע. במקום שוהים גם כמה מחבלים בכירים וביניהם מפקד הביטחון הלאומי הפלשתיני.
כוחות ההנדסה פוצצו והרסו מבנים אחדים בחלק הדרומי של המתחם באזור בו נמצא בית הכלא ובניני מגורים אחדים.
בצה\"ל מציינים כי הציעו לערבים לפנות את הפצועים לאחר שיבדקו את האמבולנסים המפנים אותם, אולם הם סירבו.
לאחר נסיגת כוחות צה\"ל, יצא ערפאת ממשרדו כשהוא מניף את ידו ומסמן \"וי\" לאות ניצחון. ערפאת קרא לעולם \"לבוא ולראות את תוצאות הפעולה הפאשיסטית\" כהגדרתו.
שר הביטחון בנימין בן אליעזר אמר בתום פעולת צה\"ל כי הוא מטיל את האחריות על גל הטרור על הנהגת הרשות הפלשתינית בכלל ועל ערפאת בפרט. בן אליעזר אמר כי מטרת הפעולה במוקטעה, היא להמחיש את השקפת ישראל כי האחריות השלטונית הישירה על ההסלמה בפיגועים מוטלת על הרשות הפלשתינית. בן אליעזר הוסיף כי \"לא ניתן להבליג נוכח גל הפיגועים הרצחניים, ולכן תנקוט מערכת הבטחון וצה\"ל בכל האמצעים להפסקת הטרור\".
צה\"ל ממשיך לפעול בג\'נין לאחר שנכנס אל העיר אתמול בצהריים לאחר הפיגוע.
הגורמים מסרו כי בכוונת שרון היה להרוס יותר מבנים במתחם כולל כאלו הנמצאים סמוך מאד למשרדים של ערפאת. על פי הגורמים התנגד שר הבטחון לתוכניתו של שרון בטענה שפעולה כזו תביא להתמקדות בינלאומית במצבו של ערפאת במקום באחריותו לפיגועים. כמו כן טען בן אליעזר כי סמיכות קרובה מדי לערפאת עלולה לסכן את חיילי צה\"ל.
כוחות חי\"ר, שריון והנדסה של צה\"ל נכנסו לפנות בוקר לרמאללה. כוחות חי\"ר, טנקים ודחפורים פרצו תוך כדי לחימה למתחם המוקטעה, פוצצו כמה מבנים, וכיתרו את ערפאת באחד המבנים. אין נפגעים לכוחותינו. חיילי צה\"ל הצליחו להרוג אחד משומרי ראשו של ערפאת וששה נפצעו, חלקם באורח קשה. כוחות צה\"ל יצאו הבוקר מרמאללה לאחר שסיימו את פעולתם.
סמוך לשעה שתיים אחר חצות נכנסו כוחות צה\"ל לרמאללה. עם הפריצה למוקטעה, התפתחו חילופי אש. טנקים ירו אש מקלעים ופגזים אל המתחם. מחבל אחד נהרג וכמה נפצעו. ערפאת עצמו לא נפגע. במקום שוהים גם כמה מחבלים בכירים וביניהם מפקד הביטחון הלאומי הפלשתיני.
כוחות ההנדסה פוצצו והרסו מבנים אחדים בחלק הדרומי של המתחם באזור בו נמצא בית הכלא ובניני מגורים אחדים.
בצה\"ל מציינים כי הציעו לערבים לפנות את הפצועים לאחר שיבדקו את האמבולנסים המפנים אותם, אולם הם סירבו.
לאחר נסיגת כוחות צה\"ל, יצא ערפאת ממשרדו כשהוא מניף את ידו ומסמן \"וי\" לאות ניצחון. ערפאת קרא לעולם \"לבוא ולראות את תוצאות הפעולה הפאשיסטית\" כהגדרתו.
שר הביטחון בנימין בן אליעזר אמר בתום פעולת צה\"ל כי הוא מטיל את האחריות על גל הטרור על הנהגת הרשות הפלשתינית בכלל ועל ערפאת בפרט. בן אליעזר אמר כי מטרת הפעולה במוקטעה, היא להמחיש את השקפת ישראל כי האחריות השלטונית הישירה על ההסלמה בפיגועים מוטלת על הרשות הפלשתינית. בן אליעזר הוסיף כי \"לא ניתן להבליג נוכח גל הפיגועים הרצחניים, ולכן תנקוט מערכת הבטחון וצה\"ל בכל האמצעים להפסקת הטרור\".
צה\"ל ממשיך לפעול בג\'נין לאחר שנכנס אל העיר אתמול בצהריים לאחר הפיגוע.