מנהיגי הציבור החרדי הביעו אמש את כאבם העמוק עם היוודע דבר מציאת גופותיהם של שלושת הנערים החטופים.
הרב משה יהודה שניידר, ה'חברותא' של מנהיג הפלג הליטאי הרב יהודה שטיינמן, סיפר כי מיד כשנודע דבר מציאת הגופות הרב שטינמן הזדעזע ואמר כי "התפילות לא הלכו לחינם". בהמשך סיפר, כי "הוא עצם עיניו בצער, ושאל האם את 'כל השלושה' נהרגו ונאנח".
הרב שטיינמן הוסיף ואמר כי "התפילות אינן נעלמות. זה מועיל בשביל דברים אחרים. החיזוק העצום שנתחזקו כל המון בית ישראל, בוודאי הועיל".
ברוח זו אף התבטא הרב חיים קנייבסקי כשאמר כי "הייתה להם זכות גדולה מאד, אלפי יהודים התחזקו במצוות בגללם". מרן הגר"ח הוסיף ואמר כי התפילות לא היו לשווא, "זו זכות לנשמתם".
גם נשיא מועצת חכמי התורה של ש"ס הרב שלום כהן, התייחס אמש לדבר מציאת הנערים בצורה הטרגית ביותר ואמר כי הם זכו ל"מקום גבוה בשמיים".
באתר החרדי 'כיכר השבת' צוטטו דבריו כי "לקדוש ברוך הוא יש דרכים שונות לקדש את שמו בעולם, התקיים בנערים האלה הפסוק 'בקרוביי אקדש', אין ספק שיש להם מקום גבוה בשמים".