אגף חשאי מוקם במשרד מבקר המדינה, ומטרתו לרכז את הביקורת על זרועות השב\"כ. כך מסר העיתונאי יואב יצחק בתכנית \"שחור ולבן\" בקול ישראל.

המידע עולה מעתירה שהוגשה לאחרונה לבג\"ץ ועוסקת במינויו של ראש האגף החדש שסיים זה עתה את שירותו בשב\"כ ומונה לתפקיד ללא תקופת צינון וללא מכרז. סמכויותיו של האגף הן: פעילות יחידת החקירות בשב\"כ, תקינון החקירות בהתאם לדין והנחיות שניתנו כדין. על פי התכנית שבנבכיה מצוי מבקר המדינה אליעזר גולדברג, יפעל האגף בחשאיות תוך מידור קפדני מפני המערכת של ביקורת המדינה.

גם כיום קיים אגף מעין זה אך הוא נעדר כל סמכויות העומדות להיות בחלקו של ראש האגף החשאי החדש. מבקר המדינה הסביר כי בחירתו של ראש האגף ללא מכרז נחוצה משום ש\"מדובר במשרה רגישה, שהנושא בה צריך שיהיה אמון על סודותיה הכמוסים ביותר של המדינה ואין זה מתאים לבחור אותו בהליך רגיל של מכרז\".

עיקר ביקורתם של עובדי משרד מבקר המדינה שהגישו את העתירה כי מדובר במשוא פנים, ניגודי עניינים וכו\'. נטען, כי מינוי כזה נוגד כללי אתיקה למבקרים, כפי שנקבעו בכללי האתיקה של ארגון מבקרי המדינה הבינלאומי. מוסד מבקר המדינה, נטען, צריך לשמש נושא הדגל של התקינות המנהלית. האינטרס הציבורי של מראית הביקורת הציבורית מחייב זאת.

ממשרד מבקר המדינה נמסר, כי הואיל ותלויה ועומדת עתירה בנושא זה בבית המשפט העליון, נמנע המבקר ממתן תגובה. כמו כן אין מדובר באגף חדש, אלא באגף קיים; המינוי החדש נעשה עקב יציאתו בקרוב לגימלאות של העומד בראש האגף הנוכחי.