הראשון לציון, הרב הראשי הספרדי יצחק יוסף, קרא הבוקר להימנע מתפילה בבתי כנסת שאינם מאובטחים. "התורה ציוותה עלינו 'ונשמרתם מאוד לנפשותיכם', זה קודם לכל דבר אחר", קרא הרב יוסף.
"הטבח הבוקר מזעזע, על פי דין חובה על כל בית כנסת בעיר להציב מאבטח חמוש בפתחו. בתי כנסת שנמנעים מכך עוברים על איסור 'לא תשים דמים בביתך'. עד שלא ישתנה המצב - אסור היום להתפלל בבית כנסת שאין בו מאבטח".
"המחזה הנורא של מתפללים מתבוססים בדמם עטורי טליתות ותפילין מזכירים לכולנו פרעות ופוגרומים שעברו בני עמנו לאורך הדורות. דם יהודי נשפך כמים בחוצות ירושלים על לא עוול בכפם".
"נרצחים קדושים אלו מצטרפים לאחיהם שנעקדו, נטבחו ונרצחו בארץ ובעולם על קידוש השם. מנהיגי הדת המוסלמית צריכים להשמיע קול ברור וחד משמעי שמגנה רצח, וקורא לעצירת מעגל הדמים הנורא הזה בו רוצחים יהודים בבתי כנסת וברחובות העיר רק בשל היותם יהודים", הוסיף הרב הראשי.
הרב אריה שטרן, רבה הראשי של ירושלים, הגיב לטבח ואמר "כמו כולם, אני מזועזע והמום למשמע הרצח הנורא של המתפללים העטופים בטלית ועטורים בתפילין.
פיגוע זה שב ומגלה את פרצופם האמיתי של המחבלים שאין להם שום מידה של יראת אלוקים. אנו מצידינו צריכים להתחזק ולעשות את הכל בכדי להסיר מעלינו את הקלקולים שמביאים לפירוד בין חלקי העם וראוי לנו שנדגיש דווקא את מה שמשותף לכולם ולא רק בזמן של פיגוע. אנו משתתפים בצערם העמוק של המשפחות והקהילה שאיבדו את יקיריהם ומתפללים לרפואתם המהירה והשלמה של הפצועים".
הרב שטרן פנה לרבנות הראשית לישראל בבקשה לקבוע תפילה בכל בתי הכנסיות בארץ ובעולם, ובירושלים בפרט, ביום חמישי הקרוב שהוא יום כיפור קטן סמוך לתפילת מנחה, לזעקה בתפילה ובפרקי תהילים.