בעת דיון במליאת הכנסת סביב הפיגוע בהר נוף, תקפו חברי הכנסת החרדיים את הח"כים והשרים העולים להר הבית.
ח"כ גפני (יהדות התורה) אמר: "האם פתאום יש צורך בעלייה להר הבית? יש כאלה שטוענים שזה סמל הריבונות. זה לא נכון, מדינת ישראל, צה"ל והמשטרה שולטים בהר הבית. האם עלייה להר הבית היא לא להתעמר באנשים כאן בארץ, משום שיש מרצחים. אני לא מאשים את הקורבנות אלא את הרוצחים, אבל אני אומר חד וחלק אסור לעלות להר הבית מבחינת השכל הישר".
בהמשך תקף את ח"כ חוטובלי שמתחה ביקורת על ראש השב"כ על דבריו בנוגע לעליית הח"כים להר הבית. גפני אמר כי "פתאום יש סגנית שר בממשלה שצריכה להתפלל על הר הבית, היא הרבה שנים בישיבות. ואני אומר לכם יותר חשוב להתפלל ולהניח תפילין בבית הכנסת מאשר לעלות להר הבית, בייחוד כשביקור בהר הבית יכול לגרור לשפיכות דמים. הולכת סגנית שר ואומרת שראש השב"כ צריך להתפטר כי הוא מבקש מחברי הכנסת לא לעלות...פתאום תפסה אותם פנייה להתפלל דווקא בהר הבית, שיילכו לבית הכנסת או לכותל".
ח"כ מנחם אליעזר מוזס (יהדות התורה) אמר כי "בימים קשים אלו, לאחר מראות הטבח המזעזע, אינני יכול לעבור לסדר היום ללא הבעת מחאה על ענין הר הבית. מבחינה הלכתית חל איסור חמור ביותר לעלות לשם. זהו איסור כרת. וחמור כמו אכילת חמץ בפסח. גדולי הדור ומועצות גדולי התורה קבעו מאז ומתמיד כי חל איסור תורה לעלות להר הבית".
"המצב כל כך נפיץ וחברי הכנסת וראש הממשלה מתעסקים בשטויות ומסכנים את העם כולו. ראש הממשלה מאשים את אבו מאזן בעידוד ההסתה וראש השב"כ אומר ההיפך. ראש הממשלה מתעסק בחוק הלאום היהודי. היום כולנו יודעים מיהו הלאום היהודי. כולנו חווים על בשרינו את היותנו יהודים. הערבים טובחים בנו כיהודים, בלי שאיזה חוק יוכיח להם מי יהודי. ועכשיו, אחרי שחזינו בטובחים וברוצחים השפלים, נזכרו להרוס להם את הבית. ולא את כל הבית, אלא חדר קטן מתוכו".
לדבריו, "כולנו זוכרים את מה שקרה כאן במדינה בתקופת ראש הממשלה אריאל שרון. שרון החליט לעלות להר הבית. זה היה באוקטובר 2000. עלייתו פתחה את האינתיפאדה השניה. עשרות אנשים נפצעו באותו היום, 7 נהרגו".
עוד אמר כי אי אפשר להתעלם מהעובדה שנושא הר הבית הוא נושא נפיץ על כל העולם המוסלמי. "זהו פיקוח נפש וחל איסור חמור ביותר לעלות אליו הן הלכתית והן מדינית. אני חש חובה מוסרית לשוב ולזעוק: אסור בשום פנים ואופן לעלות להר הבית".
גם עמיתו לסיעה ח"כ אשר אמר כי מדובר באנשים חסרי אחריות בהופכים את זה לסכסוך דתי בניגוד להלכה.
לאחר שהביע צער וכאב על הטבח הנורא אתמול אמר ח"כ יעקב אשר כי "לצערנו הרב אנו שוב חווים פיגועים ברחובות אך אתמול נחצה קו אדום של רצח בבית כנסת. אנשים נרצחו באמצע התפילה כשהם עטורים בטלית ותפילין, ויש חשש גדול שההסלמה הנוכחית תקבל את הפן הדתי, זה קורה בגלל טעויות של אנשים וגם בגלל מערכת משומנת של אויבינו המנסים להציג את זה כאילו אנו פוגעים במוסדות הדת שלהם ולכן הם פוגעים במקומות הדת שלנו".
"ישנם אנשים חסרי אחריות אשר עולים להר הבית בניגוד לדעת ההלכה והופכים את הסכסוך הזה לסכסוך דתי, כולנו יודעים שאין שום שינוי בנושא הזה. ההלכה אוסרת לעלות להר הבית. ישנם אנשים שהופכים את הר הבית לנושא שמצית אש בתקופה הזו המסוכנת גם כך". אמר ח"כ יעקב אשר
"יש לזכור כי זכותנו על הארץ הזו אינה זכות לאומנית. צוואתם של ארבעת הקדושים אשר נרצחו בתוך בית כנסת כשהם עטורים בטליתות מלמדת אותנו כי זכותנו על הארץ הזו נגזרת רק מתוקף תורתינו הקדושה".