בחפירות שנערכו בקיץ האחרון התגלתה בתל שילה, מערכת של בורות חצובים בסלע לאגירת מי גשמים שכנראה הפכה למערכת מסתור בתקופת המרד הגדול. שילה הקדומה לא הייתה משופעת במקורות מים. מקור המים העיקרי של העיר הוא עין סילון שנמצא כמה מאות מטרים צפונית מזרחית לתל. אך למרות מקורות המים המעטים, התגלו בחפירות כ-3 מקוואות טהרה מתקופת בית השני.
המקוואות מצטרפים לממצאים אחרים מתקופת בית שני שהתגלו בתל ומלמדים אותנו שעל אף חורבן העיר בימי עלי הכהן באמצע המאה ה-11 לפנה"ס, היתה שילה מיושבת גם בתקופת הבית השני. סביב התל נסקרו כ-30 מערות קבורה, ובתל עצמו התגלו מטבעות מתקופת הממלכה החשמונאית ומהמרד הגדול, כלי אבן, נרות חרס וממצאים נוספים.
מקוואות הטהרה וכלי האבן מעידים על הקפדה בהלכות טומאה וטהרה, שכן כלי האבן אינם מקבלים טומאה לפי ההלכה. הקפדה זו הייתה מצויה בעיקר בקרב הכוהנים בתקופת הבית השני, כמו שאפשר לראות בממצאי העיר העליונה של ירושלים ערב החורבן.
שילה הקדומה, קשורה בקשר הדוק לחנוכה. עם פרוץ מרד החשמונאים, בורחים החשמונאים מאזור מגוריהם במודיעין ובורחים להרי גופנה במערב בנימין. בניגוד לחשיבה המקובלת רוב קרבות החשמונאים התרחשו באזור זה, ולא באזור מודיעין.
בימי החנוכה מתקיימים בשילה הקדומה סיורים מיוחדים המשלבים את סיפורה של שילה עיר המשכן עם סיפור קרבות המכבים ועם סיפורי גבורה יהודית בת זמננו- "בימים ההם בזמן הזה!". סדנא מיוחדת להפקת שמן זית ולימוד על בית הבד העתיק, או סיור מודרך לבית הבד המודרני של משק אחיה וסיפור החקלאות העברית המתחדשת באזור שילה. החיזיון האור קולי במגדל הרואה פתוח ולראשונה נפתחה במגדל קומת מוזיאון אינטראקטיבית.