תשומת הלב הציבורית אמנם מרוכזת בדו"ח המבקר המתייחס לראש הממשלה, בנימין נתניהו, אך מבקר המדינה מותח גם ביקורת על התנהלות בית הנשיא בתקופת כהונתו של שמעון פרס כנשיא התשיעי של מדינת ישראל.
משרד המבקר מצא ליקויים בפעולותיו של בית הנשיא בתקופה זו בעיקר בתחומי ניהול כוח אדם, כספים, רכש, תכנון העבודה והתקציב.
עוד נמצאו ליקויים בפעולות שביצע בית הנשיא כנותן חסות ל"וועידת הנשיא". מבקר המדינה גם מצביע על ליקויים שהועלו בדוח הקודם וטרם תוקנו.
בנושא ניהול ומשאבי אנוש קובע המבקר כי בבית הנשיא הועסקו 14 עובדים במשרות אמון. "לא נמצא כי נעשתה בחינת צרכים לצורך העסקתם של נושאי משרות אמון אלה".
המבקר מעיר גם על ליקוי שלא תוקן מדו"ח קודם כאשר בו נדרש בית הנשיא להפסיק את העסקתו של יועץ מסוים כקבלן חיצוני. "אף על פי כן המשיך בית הנשיא להעסיקו עד לסוף כהונתו של הנשיא פרס. משרד מבקר המדינה העיר לבית הנשיא שלא תיקן את הליקוי", נכתב בדו"ח.
באשר לתכנון עבודת בית הנשיא ותקציבו כותב מבקר המדינה כי בשנים 2011-2014 נע התקציב המקורי של בית הנשיא בין כ-40 מיליון ₪ עד כ-44 מיליון ₪ בשנה. "במשך אותן שנים נדרשו תוספות תקציב לבית הנשיא בשיעור ממוצע של כ-20%. דבר המלמד שאגף התקציבים באוצר לא גיבש תקציב המשקף נכונה את הוצאות בית הנשיא. הגם שאגף התקציבים באוצר קיבל עוד בשנת 2011 את המידע על כך שיש פערים בין התקציב שגיבש לבין הצרכים. כתוצאה מכך נדרשו גם בשנים 2013-2014 תוספות ניכרות במהלך השנה".
כאמור, המבקר מותח ביקורת גם על מימון ועידת נשיא ישראל. בביקורתו כותב המבקר כי "בדו"ח הקודם על בית הנשיא אשר כלל התייחסות לנושא, נכתב כי מן הראוי שהועידה בהיותה אירוע ממלכתי תמומן מתקציב המדינה ולא באמצעות תרומות. נמצא, כי ועידות הנשיא, שהתקיימו בחסות הנשיא, מומנו מתרומות בניגוד להערת מבקר המדינה. האוניברסיטה העברית שהייתה הגוף אשר באמצעותו הוכנה הוועידה והתקיימה, לא קיבלה למעשה את האחריות לפעילות ועידת הנשיא אף שכך הוצגו הדברים".
מלשכתו של הנשיא התשיעי, שמעון פרס, נמסר בתגובה לאמור בדו"ח, כי "אנו מברכים על עבודת מבקר המדינה אשר יש בה כדי להביא לייעול תהליכי העבודה בבית הנשיא. כפי העולה אף מן הדו"ח עצמו, במהלך כהונת הנשיא התשיעי נעשתה בבית הנשיא עבודה משמעותית ומקיפה מאוד לשיפור וייעול בתחומי המנהל השונים, ובעקבות דו"ח המבקר הקודם אף תוקנו רוב רובם של הליקויים עליהם הוצבע במסגרת הדו"ח".
איילת פריש, דוברת הנשיא התשיעי פרס, מוסרת עוד כי "הנהלת בית הנשיא בתקופת כהונת הנשיא התשיעי ייחסה חשיבות רבה לבחינת הערות מבקר המדינה והובילה, יחד עם גורמי המקצוע השונים, תהליכי עומק שנועדו להביא לשיפור וייעול בכל נושאי המנהל. מאמצים אלה אף מצאו ביטוי בדו"ח מבקר המדינה, ואנו מברכים על כך".