משרד הבריאות פרסם את הדו"ח על איכות של מי השתייה במקורות המים בארץ לשנים 2011-2012. במשרד מדגישים כי הפיקוח על איכות מי השתייה והתאמתם לתקנות, "נעשים באופן שוטף בלשכות הבריאות, מיד עם קבלת התוצאות מהמעבדות, ללא כל תלות בהכנת הסיכומים הארציים, מה שמונע אספקת מי שתייה שחורגים מדרישת התקנות". על פי הדו"ח בשנת 2012 סופקו בארץ מי שתייה מ-1057 מקורות מים: 1019 מקורות מי תהום, 20 מעיינות ו-18 מקורות מים עיליים. במשרד הבריאות מציינים כי כל מקורות המים עוברים טיפול הכולל לפחות חיטוי, וכל מקורות המים העיליים מטופלים באמצעות סינון וחיטוי. התקנות מחייבות את רשות הבריאות לפסול מקור מים שנמצאו בו גורמים שחרגו מהתקן, או לחילופין מאפשרות לספק המים להציע טיפול ע"מ להביאם לאיכות הרצויה. בדו"ח ניתנת התייחסות לערכים מיקרוביאליים מחמירים, וגם ע"פ מדד זה שיעור החריגות מאוד נמוך - כ-0.5% מהקידוחים. ברוב מקורות המים לא נמצאו חריגות כימיות, ובאלו שנמצאו חריגות מהתקן המים מסופקים לשתייה רק לאחר מתקני טיפול. מתוך 285 מקורות מים בהם נמצאו חריגות: ב-79 הבדיקות החוזרות נמצאו תקינות, 11 נפסלו לשתייה או לא סיפקו מים מסיבות אחרות, 174 מסופקים לאחר טיפול להורדת החריגה, 5 מיועדים לשעת חירום, וב- 16 מקורות מים נמצאה חריגה אורגנולפטית. בדו"ח עודכנה רשימה מפורטת של כל מתקני הטיפול הקיימים בארץ לסוף שנת 2012, חלקם מטפלים במספר מקורות מים. סה"כ פעלו 111 מתקני טיפול וצמתי מיהול בממדים שונים, המתפלגים על פי סוג הטיפול: 42 התפלה, 10 אלקטרו דיאליזה, 21 סינון, 12 פחם פעיל, 26 צמתי מיהול. משנת 2005 בתהליך הדרגתי הולכים ונבנים מתקני התפלת מי ים גדולים, ונכון לסוף שנת 2012 מסופקים מי ים מותפלים מארבעה מתקנים, כ-20% מצריכת המים השפירים בארץ. מתקני ההתפלה מספקים מים באיכות גבוהה מאוד, ופועלים באופן שוטף ע"פ הנחיות משרד הבריאות. בעקבות בדיקות נוספות וסקרים תברואיים שנערכו במקורות מים בהם נמצאו תוצאות חריגות, וכן מסיבות טכניות והידרולוגיות שונות, נפסלו במהלך שנתיים אלו 46 מקורות מים מהסיבות הבאות: חנקה וזיהום מיקרוביאלי – 26, מיקרומזהמים אורגניים – 2, עכירות – 4, כלוריד, גופרה וסלניום – 4, סיכון סביבתי וסיבות טכניות – 10 מקורות מים.