הדרג המקצועי במשרד החוץ, לא נשאר אדיש לעובדה שחלק גדול מתחומי עיסוקו של המשרד, פוזרו בין שרי הממשלה, ומותח ביקורת חריפה על המהלך.
דיפלומטים במשרד החוץ אומרים לערוץ 7 כי מעבר לעניין הסמכויות מדובר גם באובדן משמעותי של תקציבים. "אם שר אחר מקבל אחריות על הסברה או מלחמה באנטי-ישראליות, אין ספק שזה פוגע בנו. אם אנחנו רוצים לעשות פעילות בקמפוסים ולשלוח מרצים מהארץ יש בעיה מאיפה יקחו את הכסף הזה", שואלים הדיפלומטים.
הם גם מלינים על בעיה נוספת. "אם שר חוץ מגיע לישראל - כדי לקבל תמונה מלאה הוא צריך להיפגש עם חמישה שרים, סגנית השר וראש הממשלה כדי לקבל תמונה מלאה בעניין יחסי החוץ, וזה ייצור רק בעיות. גם שרים שנטלו תחומים מהמשרד ויצאו לחו"ל, לא יעדכנו את סגנית השר אלא את ראש הממשלה, והעבודה תיפגע".
אחד הדיפלומטים מסכם כי "אין ספק שהסמכויות כאן נפגעות וזה בא לידי ביטוי בצורה המשמעותית יותר בתחומי אחריות. לקחו מהמשרד יותר תחומים משנלקחו בתקופת כהונתו של אביגדור ליברמן".
במשרד גם הביעו מורת רוח מהעובדה שדווקא אחד התחומים שבהם עסקו הפקידים לאחרונה, המאבק באנטי-ישראליות בקמפוסים בארה"ב, נלקח מתחום סמכותם, חרף הצלחות שהשיגו עד כה בתחום. "פיצול המשרד יגרום רק נזק ליחסי החוץ של ישראל, ויפגע בסופו של דבר במדינה", טוענים שם.