דו"ח ועדת החקירה מטעם מועצת זכויות האדם של האו"ם על מבצע צוק איתן, שונה באופן משמעותי מקודמיו, ובהם דו"ח גולדסטון.
עם זאת, הדו"ח עדיין מצטט באופן נרחב ארגונים פוליטיים מוטים ולא אמינים, כך לפי מכון המחקר NGO Monitor, העוקב אחר פעילות הארגונים והשפעתם על מוסדות בינלאומיים.
עוד מציינים במכון כי השימוש בהאשמות עובדתיות ומשפטיות של ארגונים דוגמת "אמנסטי", "בצלם", "רופאים לזכויות אדם-ישראל" ו-"שוברים שתיקה", מטילה כתם שחור על עבודת ועדת החקירה של האו"ם.
"דו"ח זה היה שונה לחלוטין ללא ההאשמות חסרות השחר והבלתי ניתנות לאימות של ארגונים לא-ממשלתיים", אומרת אן הרצברג, היועצת המשפטית של NGO Monitor. "למרות ניסיונות להתייחס למגוון רחב של מקורות, הדו"ח שהופק על-ידי מארי מקגאוון דייויס וצוותה, מתאפיין בחוסר אמינות בשל ההשפעה הנרחבת של ארגונים לא-ממשלתיים".
מכון NGO Monitor ניתח את דו"ח ועדת החקירה ומצא כי ארגונים לא-ממשלתיים צוטטו במספר רב של מקרים: ארגון "בצלם" צוטט ואוזכר ב-69 מקרים, ולאחר מכן אמנסטי אינטרנשיונל (53), המרכז הפלסטיני לזכויות אדם (50) ואל-מיזאן (29). גם אונר"א וארגון האו"ם לתיאום עניינים הומניטאריים (UN-OCHA), מצוטטים בהרחבה בדו"ח. "כפי ש-NGO הראה פעמים רבות בעבר, אין קשר בין ארגונים אלה לבין ועדות חקירה מקצועיות", מעירים במכון.
"הוועדה השתמשה במידע שהגיע מארגונים לא-ממשלתיים כתשתית לטענות עובדתיות ללא יכולת לאמת את הדברים. לדוגמא, הדו"ח מצטט את מסקנות "בצלם" לגבי "המסוכנות של אנשים מסוימים" בעזה; בדומה לכך, ארגון Human Rights Watch, צוטט כמקור לגבי "רדיוס הפיצוץ של פגזי ארטילריה 155 מ"מ", במקום להתייעץ במומחה לענייני צבא; והארגון "שוברים שתיקה" מצוטט כמקור להאשמה על כך שצה"ל השתמש ב"הרס נרחב...כטקטיקת לחימה" ", אומרים במכון ומוסיפים כי ועדת החקירה הכירה בכך שלא היה ביכולתה לחקור מספר מימדים חשובים של הלחימה.
לדוגמא, מועצת זכויות האדם של האו"ם טענה כי "לא היה ביכולתה לאמת האשמות ישראליות על כך שקבוצות חמושות פלסטיניות השתמשו במבנים אזרחיים". בו בזמן, הוועדה נתנה "משקל רב לעדויות מיד ראשונה" של הצד הפלסטיני, למרות ש"לא היה באפשרותה לאמת בצורה וודאית את העובדות של תקרית מסוימת". הסתירה הזו מהווה פגם מהותי בעבודת הוועדה.
"חוסר המומחיות הצבאית של הוועדה פגעו בחקירה ובדו"ח", המשיכה הרצברג. "הדבר בולט במיוחד במקומות בהן ועדת החקירה דנה באמצעי הזהירות האפשריים שישראל יכלה לכאורה לנקוט, זיהוי של מטרות צבאיות, נחיצות צבאית והסטנדרטים הראויים למפקד צבאי שקול. בניגוד לכך, ארבעה מחקרים עצמאיים של קצינים בכירים לשעבר מצבאות ארה"ב, בריטניה ונאט"ו הגיעו למסקנה כי ישראל עשתה מעל ומעבר לחובותיה במסגרת המשפט הבין-לאומי במהלך מבצע צוק איתן, וכי מאמציה להגן על אזרחים הם חסרי תקדים בתולדות המלחמה".