בישראל זועמים על החלטת אונסק"ו מהיום, להכריז על האתרים המוסלמיים בעיר העתיקה כאתרי מורשת בסכנה, ולהצביע על ישראל כמי שמסכנת את אותם אתרים.
בהחלטת אונסק"ו נאמר כי חבריה "מודאגים מאוד מהחפירות הבלתי חוקיות והעבודות שנערכו על ידי רשויות הכיבוש הישראליות וקבוצות המתנחלים הקיצוניות בעיר העתיקה בירושלים, ומכישלונה של מדינת ישראל להפסיק זאת, כולל נזק שאירע לנקודות היסטוריות במסגד אל אקצה".
על פי ההחלטה ישראל גם אשמה בפגיעה באתרים מוסלמיים, בשל הקמת הרכבת הקלה. "אנו מגנים את ההשפעה המזיקה של הרכבת הקלה המצויה במרחק של כמה מטרים מחומות העיר העתיקה, ודורשים מישראל לשחזר את האופי המקורי של האזור".
וועדת השימור של אונס"קו קוראת לישראל גם "לשתף פעולה עם הוואקף ירדני, בהתאם להתחייבויותיה על פי הוראות אמנות אונסק"ו הקשורות, כדי להקל על גישת מומחים ירדניים עם הציוד המתאים כדי לטפל באתרים המוסלמיים".
ההחלטה עצמה לא מפתיעה במיוחד, לאור העובדה שבין המדינות החתומות על ההחלטה, המצדדת בצד המוסלמי בלבד מבלי להזכיר כלל את האתרים היהודיים בעיר העתיקה, נמצאות גם לבנון, אלג'יריה וקטאר.
מנכ"ל משרד החוץ, דורי גולד אומר בתגובה כי "אונסק"ו אימץ החלטה חד-צדדית לחלוטין על העיר העתיקה בירושלים, שבאופן מכוון מתעלמת מהקשר ההיסטורי בין העם היהודי ובירתו העתיקה. גם קשריה של הנצרות לירושלים אינם קיימים בעיני אונסק"ו".
גולד מבהיר את הקשר היהודי העמוק לירושלים לאורך כל ההיסטוריה ומציין כי "היום, ישראל היא זו שמגנה על חופש דת לכל הדתות הגדולות - יהדות, נצרות ואסלאם, נגד הזרם של חוסר הסובלנות ההולך וגובר מצד האיסלאם במזרח התיכון".
הוא גם קרא לאונסק"ו לבדוק מה קורה באתרי מורשת במדינות מוסלמיות. "כשאתרים כאלה נהרסים באופן שיטתי על ידי כוחות ג'יהאד ודאע"ש בעיראק ובסוריה, מדובר בצביעות, ובעיוות וניתוק לחלוטין מהמציאות האובייקטיבית בשטח".