בעוד מוטחת בשר החינוך, נפתלי בנט, ביקורת משמאל על החלטתו לסיים את כהונת יו"ר המזכירות הפדגוגית, ד"ר ניר מיכאלי, קובע פרופ' יעקב כץ, מי שכיהן בתפקיד זה בעבר כי הפיטורין מובנים מקובלים ואף נדרשים.
בדבריו דוחה פרופ' כץ, המכהן כיום כנשיא המכללה ירושלים, את הטענות לפוליטיזציה של מערכת החינוך וקובע כי יש "להבחין בין פקידים מהשורה לבין יו"ר המזכירות הפדגוגית. היו"ר אחראי על תכניות הלימודים, על מדיניות שר החינוך, על יישום המדיניות הזו. הוא חייב להאמין במה שהוא עושה, להבין ולהסכים לאידיאולוגיה של השר ולהסכים לפוליטיקה של החינוך".
מוסיף כץ ואומר: "יש תפקידים בכירים שללא אמון הדדי בין השר הממנה ליו"ר המזכירות הפדגוגית, אם אין סימביוזה ממשית ביניהם, נגיע לשוקת שבורה. איך יעלה על הדעת של אדם סביר שיו"ר המזכירות הפדגוגית ינסה לבנות מדיניות בניגוד להוראות השר? הרי השר ממונה על מערכת החינוך וממונה על היוזמות והתפיסות שלו. האם מי שממונה על יישום האידיאולוגיה הזו לא יאמין בה? אין ספק שהשר מביא איתו את יו"ר המזכירות הפדגוגית".
פרופ' כץ מציין כי הוא עצמו כיהן בתפקיד תחת הנהגתה של השרה לשעבר לימור לבנת במשך חמש שנים וחצי, וכפי שהובא לתפקיד על ידה כך גם סיים את תפקידו במשרד עם פרישתה שלה. לדבריו לא ניתן לצפות שהשר בנט יחזיק את ראש הלשכה של קודמיו, השרים פירון או שריד. "האם הוא לא רשאי להביא אנשים משלו? האם הוא לא יביא אנשים מקצועיים שימלאו את הוראותיו? איך יתכן שנבקש מאדם לעשות שקר בנפשו?".
כשהוא מתבקש להציג דוגמאות משנותיו בתפקיד אודות התיאום המתחייב בין השר ליו"ר המזכירות הפדגוגית הוא מציג שורת סוגיות שעמדו במרכז כהונתו וכאלה שללא הסכמה עם תפיסתה המקצועית והערכית של השרה לא ניתן היה לבצעם באופן מהימן: "הייתי אמון על קביעת תכנית הליבה. הייתי צריך להיות קשוב מאוד לערכים ולאידיאולוגיה של השרה כשקבענו את תכנית הליבה. השרה השיקה גם את תכנית מורשת ישראל בחטיבות הביניים והייתי צריך להיות קשוב לתכניותיה. הוקמה ועדה שקבעה את נושא האזרחות ואני הייתי צריך ליישם את הדברים ברוח השרה ולא ברוח שר אחר. לא הייתי מעלה בדעתי שאנסה להטמיע ערכים של שר אחר".
ואם למישהו נדמה שהחלטתו של השר בנט נגועה בפוליטיזציה, פרופ' כץ אינו נבהל מהדברים וקובע כי פוליטיקה וחינוך צועדים יחדיו ולא ניתן לנתק ביניהם. זאת מתוך הבנה שאין מדובר בפוליטיקה נמוכה של מאבקי כוח אלא בפוליטיקה הגבוהה של קביעת אידיאולוגיה וערכים. הפוליטיקה הזו מהווה חלק בלתי נפרד מעולם החינוך, הוא קובע. "פוליטיקה וחינוך כרוכים זה בזה בכל העולם".
"אידיאולוגיה וערכים הם הבנים הבכורים של הפוליטיקה. פוליטיקה היא לא מילה מלוכלכת. אנחנו מדברים על פוליטיקה גבוהה של תפיסות עולם ואלמנטים שבליבם של הערכים ובליבה של האמונה".