נצרים היה היישוב היהודי האחרון שפונה מרצועת עזה. בהוראת רב היישוב הבטיחו התושבים שלא להתנגד באלימות לפינוי. גם 200 ה"מסתננים" ששהו ביישוב קיבלו את עמדת התושבים.
בית בית עברו הכוחות המפנים והודיעו לתושביהם כי הרגע המר הגיע, בבכי ובכאב רב תלשו את עצמם התושבים מבתיהם לכיוון בית הכנסת המרכזי.
אחרי שנפרדו מגדוד שמשון, והתפללו בבית הכנסת, הוציאו עמם התושבים וראשי הנהגת הציונות הדתית את ספרי התורה ומנורת שבעת הקנים שניצבה על גג בית הכנסת, ובזאת בא הקץ על ההתיישבות היהודית בגוש קטיף. מנצרים נסעו התושבים לתפילה בכותל המערבי שם התקבלו בברכה על ידי רבבות אנשים.
