הרבנים הראשיים לישראל הרב יצחק יוסף והרב דוד לאו, יצאו בחריפות נגד מנהג 'הכפרות' ללא פיקוח הלכתי ווטרינרי.
במכתב מיוחד שפרסמו נאמר כי מי שמקיים מצווה זו תוך צער בעלי חיים, "אנו חוששים שלא רק שלא מקיים את המנהג אלא אף עובר על צער בעלי חיים דאורייתא".
תחילה התייחסו לכללי המנהג והשחיטה לאחריה. "באנו להעיר ולעורר על שני נושאים עיקריים בזמן קיום מצות הכפרות. בנושא השחיטה: השחיטה צריכה להיעשות כדת וכדין ע"י שוחט מומחה וירא שמים. כמו כן, יש להקפיד על המקומות בהם השחיטה תתבצע. אין לבצע שחיטת בעלי חיים במקומות בהם נערך טקס הכפרות, אלא רק במקומות בהם יש פיקוח, או להעבירם למשחטות שנמצאות תחת פיקוח הלכתי ווטרינרי".
באשר לשחיטה כתבו כי "יש לעקוב על כך כי העופות נמצאים תחת פיקוח של השירותים הווטרינריים של משרד החקלאות, שהרי לעתים מזומנות מעבירים למקומות בהם נערך טקס הכפרות, עופות ממקורות שאין פיקוח עליהם ויש בכך חשש סכנה, וחמירא סכנתא מאיסורא".
בהמשך טוענים הרבנים כי חל איסור דאורייתא על צער העוף. "חובה להקפיד על תנאים ראויים להחזקת העופות. לא לעבור על צער בעלי חיים, יש לספק לעופות את המרחב הראוי, מקום מוצל, וחובה לדאוג להם למזון ולשתיה, כדי שלא יצא ח"ו שכרנו בהפסדנו. מי שמקיים מצוה זו בעבירה של צער בעלי חיים, אנו חוששים שאין הוא מקיים כלל את המנהג, אלא עובר על צער בעלי חיים דאורייתא".