הרב אלי לבנון ששימש בעבר כממלא מקום ראש מנהלת הזהות היהודית, נבחר לתפקיד מנהל המנהלת במכרז שהוקפא במשך זמן רב לפני הבחירות והופשר רק באחרונה.
הרב לבנון נבחר בשיתוף פעולה מוצלח של ש"ס השולטת כיום במשרד לשירותי דת.
במפלגת הבית היהודי בירכו על המינוי וציינו, "הרב אלי לבנון, סמח"ט במילואים, הוא איש חינוך ברמ"ח איבריו, שמשימתו הגדולה ביותר היא חיבור עם ישראל לשורשיו היהודיים. אנחנו בטוחים שהוא יצליח בה".
הרב לבנון עוסק שנים רבות בנושא העמקת הזהות היהודית במסגרות שונות. המכרז בו נבחר יצא בתקופה בה כיהן ח"כ אלי אלי בן דהן כסגן השר לשירותי דת.
בן דהן אמר היום, "זכיתי לעבוד עם הרב לבנון כאשר כיהנתי במשרד לשירותי דת כסגן שר ואלי כיהן כמ"מ מנהל המינהלת. אני שמח מאוד על שהשר אזולאי בחר בו. אלי הוא איש חינוך ברמ"ח איבריו, ובעל תחושת שליחות אמיתית לכל חלקי עם ישראל. אני בטוח שהוא ידע לקרב את עם ישראל למסורת ישראל ולקדש שם שמיים".