משבר הפליטים בגרמניה יוצא מכלל שליטה. בתשובה לשאילתה מצד האפוזיציה הגרמנית, הודה נציג בכיר בממשלתה של אנגלה מרקל כי 130 אלף פליטים מתוך 1.1 מיליון הפליטים שנכנסו למדינה בשנה החולפת, נעלמו ואין מידע על מקום הימצאם. דובר הממשלה אמר כי ההערכות הן כי חלק מהמגרים חצה את הגבול ועבר למדינות אחרות, בעוד "אחרים ירדו למחתרת באופן לא חוקי".
עם זאת, הוא גם הודה כי יתכן וחלק מהמהגרים שנעלמו היו קשורים לארגוני הטרור האיסלמי ולא הוציא מכלל אפשרות כי חדרו למדינה על מנת לתכנן פיגועי תופת. לפני כחודשיים הודיעה גרמניה כי היא מחפשת אחר 12 מהגרים שנכנסו למדינה בעזרת דרכונים לא חוקיים, שיוצרו באותו מקום בו יוצרו הדרכונים המזוייפים ששימשו חלק ממתכנני הפיגוע בפריז.
משרד הפנים הגרמני ניסה להמעיט בחששות כי משבר ההגירה יצא מכלל שליטה וטען כי המספר היה מוגזם ונבע מ"טעות בהקלדה" לדברי דובר משרד הפנים טוביאס פלייט.
"המידע הזה אינו דבר חדש. משרד הפנים הבחין כבר לפני זמן רב כי במספר רב של מקרים, מהגרים שנרשמו מערכת כמבקשי הגירה לא הגיעו אל המקלטים או המרכזים לקליטת מהגרים אליהם נשלחו. המספר מוגזם גם מאחר וחלק מהמהגרים נרשמו פעמיים, בשני מרכזי קליטה שונים. כעת הצגנו מערכת חדשה כדי לשמור את פרטיהם המלאים של מבקשי המקלט שיכנסו לגרמניה" אמר פלייט. במהלך גל ההגירה הגדול של שנת 2015 לא נדרשו המהגרים שהגיעו לגרמניה להעניק טביעות אצבעות, ולמעשה בוצע רישום חלקי ולא כולל של מבקשי המקלט.
למרות דבריו של פלייט, ראש המשרד הפדרלי להגירה בגרמניה, פרנק-יורגן ווייס, אמר כי "ישנם עד 400 אלף מהגרים בגרמניה זהותם ומיקומם אינם ידועים לרשויות". גם הוא לא שלל את האפשרות כי חלקם היו קשורים לארגוני הטרור האיסלמי, ונכנסו לגרמניה במטרה לבצע פיגועי טרור.