בדו"ח שפרסם מבקר המדינה בענין קו התפר ציין המבקר שורת ליקויים המעלה אף היא ספק ביכולתו של הפרויקט למנוע בשלב זה כניסת מחבלים מתאבדים לתוך לבה של ישראל. בין היתר נכתב בדו"ח כי נמצאו ליקויים בתיאום בין פעילות הביטחון השוטף של צה"ל לבין המשטרה. "לא היה תיאום בין חדרי המלחמה (חמ"לים) של צה"ל ושל מג"ב; לכוחות צה"ל ולכוחות מג"ב במרחב התפר לא הייתה מערכת תקשורת תואמת, והם לא עשו שימוש בעזרי שליטה משותפים".
עוד נכתב בדו"ח: "תכנית המכשול, שנגזרה מהחלטת הקבינט הביטחוני מאפריל 2002, אינה שלמה: תוואי המכשול הוא חלקי ואינו מבוסס על תכנון מפורט ומאושר. כמו כן טרם הוקצה תקציב לביצוע המכשול ולאיוש סדר הכוחות הדרוש לביצוע פעילות הבט"ש לאורכו".
המבקר מתייחס ליכולתם של המחסומים למנוע כניסת מחבלים ומציין כי "המחסומים לאורך מרחב התפר, המשמשים כמעברים, לא צוידו באמצעים הנדרשים לקיים פיקוח ובקרה על מעבר אנשים, כלי רכב וסחורות מאיו"ש לישראל, ולפיכך הם לא מילאו את משימתם לסיכול אירועי פח"ע".
גם שחרורם ההמוני ללא משפט של שוהים בלתי חוקיים נכלל בין הליקויים שמציין המבקר, וכן העובדה ש "צה"ל לא פעל לאכוף את הצו בדבר השטח הצבאי הסגור, שנקבע כאחד היעדים החשובים בתכנית".
המבקר מוסיף כי במשך שנים "לא הוקמו רכיבי הביטחון הנחוצים למיגון היישובים הנמצאים במרחב התפר. רק לאחר פרוץ אירועי ספטמבר 2000 אושר תקציב לנושא זה, ואף זאת בשיעור שהיה נמוך במידה ניכרת מהנדרש. את הטיפול בנושא עושים גופים שונים ונפרדים, והם אינם פועלים במשותף עם פיקוד העורף".
המבקר ממליץ כי בשל מורכבותה של תכנית קו התפר ובשל מעורבותם של גופים רבים בתכנון וביישום, יוקם גוף אחד בעל סמכויות, והוא שיעסוק בתכנונה של התכנית, בביצועה ובקידומה.
עוד נכתב בדו"ח: "תכנית המכשול, שנגזרה מהחלטת הקבינט הביטחוני מאפריל 2002, אינה שלמה: תוואי המכשול הוא חלקי ואינו מבוסס על תכנון מפורט ומאושר. כמו כן טרם הוקצה תקציב לביצוע המכשול ולאיוש סדר הכוחות הדרוש לביצוע פעילות הבט"ש לאורכו".
המבקר מתייחס ליכולתם של המחסומים למנוע כניסת מחבלים ומציין כי "המחסומים לאורך מרחב התפר, המשמשים כמעברים, לא צוידו באמצעים הנדרשים לקיים פיקוח ובקרה על מעבר אנשים, כלי רכב וסחורות מאיו"ש לישראל, ולפיכך הם לא מילאו את משימתם לסיכול אירועי פח"ע".
גם שחרורם ההמוני ללא משפט של שוהים בלתי חוקיים נכלל בין הליקויים שמציין המבקר, וכן העובדה ש "צה"ל לא פעל לאכוף את הצו בדבר השטח הצבאי הסגור, שנקבע כאחד היעדים החשובים בתכנית".
המבקר מוסיף כי במשך שנים "לא הוקמו רכיבי הביטחון הנחוצים למיגון היישובים הנמצאים במרחב התפר. רק לאחר פרוץ אירועי ספטמבר 2000 אושר תקציב לנושא זה, ואף זאת בשיעור שהיה נמוך במידה ניכרת מהנדרש. את הטיפול בנושא עושים גופים שונים ונפרדים, והם אינם פועלים במשותף עם פיקוד העורף".
המבקר ממליץ כי בשל מורכבותה של תכנית קו התפר ובשל מעורבותם של גופים רבים בתכנון וביישום, יוקם גוף אחד בעל סמכויות, והוא שיעסוק בתכנונה של התכנית, בביצועה ובקידומה.