ברצועת עזה פועלים ארגונים אסלאמיים קיצוניים המזוהים עם הזרם הסלפי החותר להחזיר את עטרת האסלאם ליושנה ודוגל בדרך הג'יהאד (מאבק דתי).
ברשימת ארגונים אלה נימנים אג'נאד בית אל-מקדס, אל-שבאב אל-סלפי אל-מוג'אהיד, ג'ונוד אנסאר אללה, ג'יש אל-אסלאם, ג'יש אל-אומה, סייף אללה, כתאיב אל-תווחיד ו-אל-ג'יהאד,כתאיב סויוף אל-חק ו-מג'לס שורא אל-מוג'אהידין.
חלק מהמחבלים בארגונים אלה עקרו משורות גדודי אל-קסאם של חמאס. הארגונים הסלפיים מזוהים אידאולוגית עם המדינה האסלאמית של דאעש ואל-קאעידה והם מתנגדים לדרך המדינית של חמאס, ורואים בו ארגון כופר שאינו מיישם את ההלכה האסלאמית ככתבה וכלשונה.
גורם בכיר בארגון אל-שבאב אל-סלפי אל-מוג'אהיד אמר לסוכנות הידיעות וופא כי לארגונו אין כל הבנות עם רשויות חמאס לגבי ביצוע פעולות נגד ישראל, והוא האשים את חמאס במעצר פעילי הארגון בעת ששיגרו רקטות לעבר ישראל.
אבו סיאף, המוגדר מפקד צבאית בארגון סלפי בעזה, צוטט כאומר: "אנו לא נזנח את הלחימה בכופרים או בכל מי שעומד בפני המוג'אהידין", רמז לרשויות חמאס.