בעדותו השניה לפני הוועדה החוקרת את מותם של 13 ערבים במהלך ההתפרעויות באוקטובר 2000
גיבה הבוקר השר לשעבר לבטחון הפנים את המשטרה בניגוד לעדותו הראשונה בה הרבה לתקוף את צמרת הפיקוד שלה ובמיוחד את מי שעמד בראשה רב ניצב יהודה וילק. יחד עם זאת טען כי המטה המבצעי של המשטרה לא מסר לו מידע על מחסור בכוח אדם וציוד.

השר לשעבר טען "זו משטרה קטנה, שמתחה את שריריה עד היכולת שלה". בן עמי ציין כי ברצונו להבהיר את עמדתו כי איננו מטיל את האחריות על המשטרה והרושם שנוצר כאילו עשה כן איננו נכון.

השופט תיאודור אור שאל את בן עמי מדוע לא היה ער בזמן אמת לבעיות של מחסור חמור בציוד ובכוח אדם במשטרה שעל ניהולה היה מופקד. זאת בעקבות עדויות ומסמכים של קציני משטרה לפיהם הוגשו לשר דאז בן עמי תלונות על מחסור קשה בציוד ובכוח אדם עוד לפני המהומות.

השופט אור הביא גם את עדותו של המפכ"ל דאז יהודה וילק שאמר כי "אם בן עמי אומר שהוא לא ידע אז הוא לא היה בארץ הזאת". השופט אור ציין כי "יש רמיזות שהשר ידע יותר ממה שהוא אומר". בן עמי נרגז ונרגש ענה לו תוך שהוא מכה באגרופו בשולחן ואמר כי "אני יוזם אינספור דיונים על ערביי ישראל יותר מכל שר במדינה הזו.. הדיונים כולם בעלי אופי של מדיניות ואופי מבצעי.. איפה יש הזדמנות טובה יותר.." השר לשעבר ציין כי דיונים כאלה התנהלו לפני ואחרי המהומות: "אני מבקש ניירות מטה.. זה מעולם לא היה".

בן עמי אמר עוד כי לא ידע בזמן אמת על השימוש שעושה המשטרה בצלפים.

ביחס להאשמות שהפנתה כלפיו הוועדה לפיהם הורה לפתוח את כביש וואדי ערה בכל האמצעים
אמר בן עמי כי : "מעולם לא שמע ממני שוטר, קצין או מפכ"ל הנחייה כזו. אם היה שומע היה חושב שהתחולל בשר מוטציה כלשהי. צריך אדם לבוא מפלנטה אחרת כדי לחשוב שאתן הוראה להשתמש בכל האמצעים נגד אזרחי ישראל".

השר לשעבר אמר כי לפני המהומות וגם במהלכן פעל להידברות עם המגזר
הערבי ומנהיגיו כאשר דאגתו העיקרית היתה להביא להרגעת הרוחות.

בן עמי סיפר כי שלושה ראשי עיר ערביים אמרו לו במהלך דיונים
בנושא כביש חוצה ישראל שכדאי לסיים במהירות את המחלוקת בנושא הכביש לפני
שחברי כנסת ערביים יבואו ויסיתו.