דו"ח של מרכז ליב"ה הפועל לחיזוק הזהות היהודית בישראל קובע כי הסוכנות היהודית הפכה בשנים האחרונות לתומכת נלהבת של התנועות הרפורמיות והקונסרבטיביות.
הרב אוהד כהן, חבר מרכז ליב"ה, אומר לערוץ 7 שהדברים גלויים ומופיעים באתר האינטרנט של הסוכנות, שחור על גבי לבן.
"הם ממש לא מסתירים את זה, לפני מספר ימים הם השתתפו בהנחת אבן הפינה לבית המדרש של היהדות הרפורמית בירושלים, הם תומכים בבית דניאל בתל אביב, מיליוני שקלים מוזרמים על ידי הסוכנות לרפורמים ולקונסרבטיבים וגם למוסדות הלימודיים שלהם, בשעה שלמוסדות היהדות האורתודוכסית מעבירים כספים אך ורק למטרות חברתיות".
לטענתו כל ההתפתחויות האחרונות סביב מתווה הכותל והגיורים הרפורמיים, נעשו בגיבוי מלא של הסוכנות.
"לצערנו הסוכנות במקום לעסוק בחיזוק העלייה לארץ מחזקת את הגופים הרפורמיים, גם בכל מה שקשור לגיור וכמובן גם למתווה הכותל. נתן שרנסקי (יו"ר הסוכנות - ב.ט.) היה מהיוזמים של מתווה הכותל הדרומי ומסירת ניהול הכותל הדרומי לידי הסוכנות, כמוה כמסירת ניהול הכותל ליהדות הרפורמית''.
לדברי הרב כהן, בקרב חברי הוועד של הסוכנות היהודית ישנם רבים ששייכים לזרם הרפורמי והם משפיעים גם על ההחלטות.
לפי ההערכה, מיליוני שקלים מועברים מידי שנה לתנועות הרפורמיות. "גוף רשמי של מדינת ישראל נותן העדפה לתנועות המסורתיות. אני מזמין את כולם לפתוח את האתר של הסוכנות ולראות את האני מאמין שלהם.
''לצערי כששרנסקי נכנס לתפקידו הוא רצה להקים פיילוט של מלחמה בהתבוללות, אבל זה ירד ויש לזה משמעות הרסנית ליהדות העולם".
בתגובה לדברים נמסר מהסוכנות היהודית, כי המימון שמועבר מהסוכנות לזרמים השונים בישראל מיועד למלא צרכים של מוסדות שאינם מתוקצבים על ידי המדינה כמו בתי המדרש של התנועה הרפורמית והקונסרבטיבית שאינם זוכים למימון ממשלתי, לעומת מוסדות אורתודוכסים שמקבלים מימון מהמדינה.