יושב ראש המרכז אריאל קלנר אמר כי מבצע יונתן הוא אחד המבצעים האגדיים בתולדות האנושות ובפרט בתולדות העם היהודי.
חבר הוועד המייעץ של 'חזון לאומי' ד"ר עודד סושרד, בירך את האורחים שהגיעו והתייחס להיבט החינוכי של מבצע יונתן. כמומחה בתחום קבלת ההחלטות ותורת המשחקים, ציין את החשיבות הרבה במדיניות השוללת ניהול משא ומתן עם מחבלים, ובמציאת פתרון למשבר שאינו מבוסס על כניעה והתרפסות, "אלא על גבורה, תעוזה ויצירתיות, כפי שנעשה בסופו של דבר במבצע יונתן"
ד"ר עידו נתניהו אמר כי "התיעוד של צה"ל לגבי פעולת סיירת מטכ"ל באנטבה הוא אינו נכון מבחינה עובדתית. לכן פניתי לאנשי הסיירת שהשתתפו במבצע וראיינתי אותם על ההכנות למבצע והמבצע עצמו" .
"אני הייתי הראשון שראיין את הלוחמים. התחלתי במחקר שלי עשר שנים לאחר המבצע, וחמש שנים לאחר מכן, פרסמתי את הספר", ציין.
על ייחודיות המבצע אמר נתניהו כי רק עם שמכיר בייחודו כעם, רק עם שהרעיון הלאומי חשוב לו - יכול ומסוגל לעשות מבצע הירואי כמו מבצע יונתן. במענה לשאלה על סוגיית חילופי שבויים אמר, "גם ממשלת רבין יומיים לפני המבצע, כשראתה שאין אופציה צבאית באותו שלב, החליטה להיכנע לתביעות המחבלים. זו דילמה קשה מאוד אם לתת לחטופים למות או להיכנע לתביעות המחבלים. במדינת ישראל, עד היום כשיש אופציה צבאית ריאלית, מנסים לממש אותה. ואכן כשנוצרה אפשרות צבאית בעניין אנטבה, ממשלת רבין ממשה אותה".