משרד החוץ מתנגד למתווה נכסי נפקדים שיאפשר העתקת היישוב עמונה לאדמות סמוכות ששייכות לפלסטינים שעזבו אותן ב-1967 והוכרזו על ידי המדינה כרכוש נטוש.
גורם מדיני בירושלים אמר לברק רביד בעיתון "הארץ", כי משרד החוץ סובר שהמתווה המוצע מנוגד לחוק הבינלאומי ובנוסף יישומו עלול לגרום לישראל נזק מדיני כבד.
לדברי הגורם, נציגים של משרד החוץ השתתפו בישיבה שהתקיימה אצל היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט ב-9 באוקטובר ועסקה במתווה להעתקת עמונה.
אנשי משרד החוץ אמרו בישיבה כי יישום המתווה בעייתי מאוד הן מבחינת המשפט הבינלאומי והן מבחינה מדינית, על רקע החשש ממהלך אמריקאי במועצת הביטחון של האו"ם בתקופה שבין הבחירות בארה"ב ב-8 בנובמבר להשבעת הנשיא החדש ב-20 בינואר.
על פי הגורם המדיני, הבית הלבן מסר לישראל הן בערוצים שקטים והן בפומבי כי הוא מתנגד למתווה "נכסי הנפקדים", שלטענת הממשל האמריקאי מפר התחייבות של ראש הממשלה בנימין נתניהו לנשיא ברק אובמה, ולפיה ישראל לא תפקיע קרקעות של פלסטינים כדי להקים יישובים חדשים ביו"ש או להרחיב יישובים קיימים.
לדברי הגורם הבכיר, "הנימוקים המשפטיים והמדיניים של משרד החוץ הינם אחת הסיבות לכך שהוחלט בסופו של דבר לבקש מבג"ץ לדחות את ביצוע הפינוי בשישה חודשים כדי לנסות ולמצוא פתרונות אחרים".