כשסיים הרב שבתי סבתו את הש"ס לראשונה בישיבת מרכז הרב, לא שיער שלימוד גמרא בהיקפים נרחבים יהווה בדור הבא אתגר רוחני ולימודי שימשוך אחריו אלפי בני נוער לאהבת התורה וידיעתה.
לאחר שסיים את הש"ס בעצמו, רצה הרב סבתו לזכות גם אחרים במתנה לה זכה בעצמו.
הוא החל ללמוד את כל הש"ס עם חבורת תלמידים בוגרים, ולאחר שסיימו, רצו תלמידיו להמשיך ולזכות עוד בחורים בלימוד גמרא רחב היקף. כך קמה ישיבת "נתיבות יוסף" במצפה יריחו.
במקום לנסות לחבר את הנוער ללימוד הגמרא ב'פטנטים' שונים, מעיסוק בסיפורי התלמוד ועד לסוגיות נבחרות מומחשות, סבר הרב סבתו כי מפגש חי ומלא עם הגמרא עצמה במלוא מרחביה ימלא את הלומד אהבה לתורה וירומם את רוחו.
מחשבה זו קרמה עור וגידים, ואכן קמה לה ישיבה המלמדת את הש"ס בבקיאות רחבת היקף. כאלף וחמש מאות בוגריה ספגו בבית מדרשה הגדול את עוצמת הלימוד, וסיומי מסכתות לאלפים נערכו בין כתליה.
הניסיון הראה, כי לצד עבודה חינוכית עמוקה, ליווי אישי, למודי אמונה ופעילויות נוספות, ללימוד הגמרא עצמו כח פלאים לקשר נפש בחורים לתורה לשנים ארוכות, כולל את העוסקים בעולם המעשה ברובם הגדול.
הבסיס הרחב של לימוד הבקיאות עוזר ומעשיר את הלימוד בעיון בישיבות הגבוהות וההסדר, לשם ממשיכים בוגרי הישיבה. רבים מהבוגרים ממשיכים בישיבה הגבוהה במקום, ונפתחים לעולמות העיון והאמונה הנלמדים בה ברמה גבוהה ביותר, יחד עם בוגרי ישיבות תיכוניות נוספות מרחבי הארץ הלומדים גם הם בישיבה הגבוהה ומשם יוצאים לרחבי הארץ להמשיך את מסורת 'ללמוד על מנת ללמד'..
בוגרי הישיבה הגבוהה והתיכונית משמשים כראשי ישיבות ,דיינים, מחנכים, רמי"ם, רבני קהילות, ומורי דרך בעבודת ד' בכל רחבי הארץ. הישיבה זכתה ליטול חלק מרכזי במהפכה הרוחנית בלב גוש דן ולא פחות מארבעה גרעינים תורניים יצאו מבית מדרשה. הגרעין ברמת השרון, בקרית אונו, בנתניה ולאחרונה בגבעתיים.
כל אחד מהגרעינים מלבד המניפה רחבה בחיבור יהודים רחוקים לתורה גם הקים בעצמו ישיבה במקומו, זאת מלבד פרויקטים בקנה מידה לאומי כמו 'רמב"ם יומי' 'קרוב ללב' ועוד שפרצו מתוך אותה תחושת חלוציות של 'ללמוד וללמד' בדור גאולה.
לצד העוסקים בהרבצת תורה רבים מהבוגרים שותפים לבניין עם ישראל במסירות ובנאמנות בכל התחומים: אנשי צבא, יוצרים, כלכלנים, פיזיקאים בכירים, ועוד ועוד.
גולת כותרת בישיבה הם מסיימי הש"ס. בעוד כשבוע יתקיים בישיבה אירוע לציון חצי יובל שנים להקמת הישיבה, במעמד זה יערך "סיום הש"ס המחזור שביעי", בו עשרים ושנים תלמידים שלמדו כל אחד מהם את כל התלמוד הבבלי, יצטרפו לחבורה של מאה וחמישה עשר תלמידים שסיימו עד עתה. באירוע ישתתפו: הרב שמואל אליהו, הרב חיים סבתו, שר החינוך נפתלי בנט ושר החקלאות אורי אריאל ולצידם יופיעו האחים אהרון ויונתן רזאל.