בלשכת היועמ"ש נערך דיון ראשון בפרשת הצוללות. בסיומו של הדיון הוחלט להמשיך בבחינת הסוגיה, כולל היבטים שונים של ניגוד עניינים לכאורה של חלק מהמעורבים בפרשה.
בראיון לערוץ 7 מתייחס יו"ר 'הבית היהודי', שר החינוך וחבר הקבינט המדיני ביטחוני נפתלי בנט, לפרשה, ובראשית הדברים נשאל אם הוא מזהה ניגוד עניינים כלשהו בפרשה.
"אני יכול לקבוע שעל פי הנתונים שהוצגו לנו, חברי הקבינט, בעסקת הצוללות מדובר במהלך נכון אחראי וחיוני, וחיוני היה לבצע זאת מהר. זו תעודת ביטוח של ארבעים שנה קדימה למדינת ישראל, לכן תמכתי בעסקה ואני עדיין תומך", משיב השר בנט ומדגיש כי אמנם קיימים ויכוחים בינו לבין ראש הממשלה נתניהו וקיימת גם יריבות פוליטית אך "מושחת הוא לא, והוא לא ימכור את ביטחון ישראל בשביל בצע כסף. בזה אני משוכנע".
באשר לדברי השר לשעבר יעלון וטענותיו כלפי נתניהו, אומר בנט כי את הדברים הללו יש לברר עמו. "כשיש לי מחלוקת עם ראש הממשלה, גם בנושאי ביטחון, אני לא מהסס להילחם על עמדותיי גם כשלא נעים וגם כשאני מותקף אישית. הוכחתי זאת ב'צוק איתן' כשנלחמתי לבדי לפעולת המנהרות. תמיד 
על פי הנתונים שהוצגו לנו, חברי הקבינט, בעסקת הצוללות מדובר במהלך נכון אחראי וחיוני, וחיוני היה לבצע זאת מהר. זו תעודת ביטוח של ארבעים שנה קדימה למדינת ישראל
ביטחון ישראל ולא שום שיקול אחר מנחה אותי. במקרה הזה של הצוללות מדובר בעסקה חיונית למדינת ישראל, ולכן אני תומך בזה".
השר בנט שב על עמדתו זו גם כאשר הוא נשאל אודות הדיווחים על קשריו המשפחתיים והייצוגיים של עו"ד שמרון לראש הממשלה נתניהו. "אומר שוב, אני משוכנע שהעסקה הזאת, על בסיס המידע שהובא לנו, חברי הקבינט, היא מהלך חיוני לביטחון ישראל. אני עצמי אמרתי שאני רואה בזה תעודת ביטוח לאומית לעשרות שנים קדימה".
בנט מציין שאינו נכנס לשיקולים ולמניעים שמאחורי הדיווחים השונים בפרשה, אם מדובר בסוגיות של ימין ושמאל או מאבקי התקשורת בנתניהו, אלא חשוב לו שהאמת תיאמר כפי שהיא נאמרת כאשר יש לו מחלוקות עם ראש הממשלה.
כשהתבקש להתייחס לעובדה שפעמיים נחלץ הוא להגנת נתניהו, הן בפרשת הצוללות והן כשהוטחו בנתניהו האשמות של הסתה סביב יום הזיכרון לרבין, בעוד נתניהו מעולם לא נחלץ להגנתו שלו, בנט משיב ואומר כי אכן זו המציאות, אך אין כאן עסקה של הגנה הדדית אלא ערך אמירת האמת הוא המנחה אותו. "אני נלחם על האמונה שלי, וכפי שמפריע לי שכבר עשרים שנה מאשימים את נתניהו בהסתה לרצח רבין, דבר שלא היה, אני אומר את האמת, כשזה נוח וכשזה לא נוח".
לכל זאת מוסיף השר בנט ומציין גם את המחלוקות בינו לבין נתניהו: "אני חושב שהוא שגה כשהוא שחרר אלף מחבלים, אני חושב שהוא שגה בתמיכה בהקמת מדינה פלשתינית, אני חושב שהוא שגה בהקפאת הבנייה ביהודה ושומרון. שם אני לא מהסס להתווכח על דברים מהותיים, אבל כשמדובר בהתקפות אישיות ולא ענייניות אני לא מהסס לומר את האמת".
בהמשך הדברים התבקש השר בנט להתייחס לדבריו של מבקר המדינה אודות 'צוק איתן' ולפיהם אכן בנט היה האיש שיזם את פעולות המנהרות ולעומת זאת נתניהו לא דייק בתיאור האירועים. "כפי שפורסם, המבקר קבע חד משמעית שבמשך שנה וחצי הוסתרה מהקבינט כל סוגיית המנהרות, ואני כשר ירדתי לשטח וגיליתי את העניין הזה והבאתי אותו לידיעת הקבינט בשלושים ביוני, ואז גם הצגתי את הפעולה להשמדת המנהרות ובמשך שלושה שבועות נאבקתי נגד כולם בדרישה להשמיד את המנהרות כי אחרת כל ישובי עוטף עזה יהיו בסכנה מיידית".
"עולה כאן תמונה קשה ומטרידה של קונספציות – קונספציה שחמאס לא יתקיף אותנו, קונספציה למה אסור לנו להיכנס להשמיד את המנהרות, ואני מסתכל קדימה. אני לא מחפש עריפת ראשים אלא איך מונעים את המחדל הבא, איך אנחנו גורמים לזה שאנחנו מכריעים את האויב בכמה ימים ולא משיגים תיקו בחמישים ימים. ימי התיקו מול האויב צריכים להיגמר והגיע הזמן לחזור למודל של הכרעה ברורה. את כל זה אני דוחף במלוא כוחי בקבינט הביטחוני", דברי בנט.
אני לא נגד חומה ולא נגד גדר או כיפת ברזל, אבל זה לא האתוס של מדינת ישראל. ישראל לא יכולה לנצח מלחמות במגננה. רק אם האויב יידע שאנחנו מסוגלים להכניע אותו בכמה ימים יימנעו הסיבובים הבאים.
"אנחנו לא יכולים להיכנס למודל של מגננה, מגננה, מגננה. אני לא נגד חומה ולא נגד גדר או כיפת ברזל, אבל זה לא האתוס של מדינת ישראל. ישראל לא יכולה לנצח מלחמות במגננה. רק אם האויב יידע שאנחנו מסוגלים להכניע אותו בכמה ימים יימנעו הסיבובים הבאים. תמיד ידענו להיכנס לשטח האויב ולהכניע אותו".
באשר להמשך התחמשות החמאס, אומר השר בנט כי אין בכוונתו לפרט אודות מה שידוע ומה שלא ידוע, אך הוא יכול לומר ש"כפי שהייתי מאוד פעיל כדי לקדם את עמדתי ובסוף הצלחתי ב'צוק איתן', ידעו אזרחי ישראל שאני מאוד פעיל כדי שמדינת ישראל לא תגיע למקומות רעים גם בעתיד. הנושא הביטחוני מאוד חשוב לי. זה עצם הקיום שלנו כמדינה".
סוגיה נוספת שבה עסקה השיחה עם השר בנט היא סוגיית חוק ההסדרה והתנהלות ראש הממשלה מול חוק זה. "מדהים שמה שביקשתי במשך שנה ולחצתי והפצרתי בראש הממשלה וכלום לא זז, פתאום כשהעברנו את החוק עכשיו יש אנרגיות. זו בשורה טובה, אבל מוקדם מכדי לחגוג. עוד לא ראיתי בעיניים שיש נכסי נפקדים ולא ראיתי בעיניים שיש פתרון קפריסאי סגור. אנחנו מתקדמים בחקיקה וראש הממשלה ימשיך לקדם את המסלולים האחרים, וכשאחזור לישראל ביום רביעי נבחן את כל הדברים ונקבל החלטות להמשך".
באשר לדיווחים על כוונה להסיר את החוק מעל סדר היום לאחר אישורו בקריאה הטרומית, כוונה
אני מקדם את החוק (ההסדרה). במקביל יש מאמצים לפתרונות אסטרטגיים אחרים. אני רוצה הסדרה ליהודה ושומרון. איך זה קורה? עוד נראה. בינתיים ביד יש לנו את החוק וכל השאר רק דיבוריםשלכאורה מוסכמת עם שר האוצר כחלון, אומר בנט כי דברים דומים נאמרו גם בעבר, "אמרו שלא נצליח להעביר את זה בוועדת שרים לענייני חקיקה והעברנו, אמרו שלא נעביר את זה טרומית והעברנו. אני מקדם את החוק. במקביל יש מאמצים לפתרונות אסטרטגיים אחרים. אני רוצה הסדרה ליהודה ושומרון. איך זה קורה? עוד נראה. בינתיים ביד יש לנו את החוק וכל השאר רק דיבורים".
בהתייחסו לעתיד עמונה אומר השר בנט כי הוא ומפלגתו "עושים הכול כדי לשמור על ההתיישבות וגם על עמונה. אנחנו מפעילים את כל המאמצים. אני אמנע מהבטחה מה יהיה, אבל מה שאני יכול לעשות זה להפוך עולמות כדי להציל את ההתיישבות".