בשנת 1998 הגיש תדי כ"ץ מחקר במסגרת עבודתו לתואר השני תחת הכותרת: "יציאת ערבים מכפרים בכרמל הדרומי ב1948". במחקרו טען כ"ץ כי בחודש מאי 48' תקף כוח של חטיבת אלכסנדרוני יחד עם כוח מחטיבת כרמלי את הכפר הערבי טנטורה. כ"ץ טען כי לוחמי צה"ל ביצעו טבח בכפר בבתים, בחצרות, וברחובות ואת הנותרים ריכזו בבית הקברות של הכפר ושם ירו בהם למוות. על פי טענתו "נטבחו" כ200 מבני הכפר.
אנשי עמותת חטיבת "אלכסנדרוני" טענו כי מדובר בשקרים גסים והגישו נגדו תביעת דיבה והוצאת לשון הרע בגובה מליון שקלים.
במהלך המשפט התגלו סתירות בין העדויות שהקליט כ"ץ לצורך עבודתו לבין שילובן בעבודה עצמה.
אחד מפרקליטיו של תדי כ"ץ עו"ד אמציה אטלס המליץ לכ"ץ להגיע לפשרה עם אנשי אלכסנדרוני שבמסגרתה יפרסם התנצלות פומבית ובה יחזור בו מטענותיו כי אנשי החטיבה ביצעו טבח במקום.
כ"ץ אכן חתם על ההסכם אולם יום לאחר מכן חזר בו וסירב לפרסם את ההתנצלות בטענה שהסכם הפשרה הושג בלחץ פרקליטו בלא שהוא עצמו הפעיל מספיק שיקול דעת. כ"ץ ערער לביהמ"ש העליון על הצעת הפשרה אולם זו נדחתה. למעשה עד עצם היום הזה הסכם הפשרה עודנו בתוקף.
כ"ץ אישר כי בקיץ 2000 במהלך המשפט פנה לפייסל חוסייני וקיבל 8000 דולרים במזומן. חודש אח"כ פנה כ"ץ אל עו"ד ג'וואד בולוס המשמש כפרקליט ה"אוריינט האוס" וביקש עוד 10000 דולרים. לטענתו, סכום זה לא הגיע לידיו.
לדבריו, עם הגשת התביעה נגדו פנה לאנשי גוש שלום לידידים אישיים ואף השתמש בכסף שנאסף בערב שנערך לכבודו בתיאטרון "צוותא".אולם מאחר שנזקק לסכומים נוספים פנה בעצת ידידו לפייסל חוסייני אותו הכיר במסגרת מפגשים של אנשי שמאל קיצוני.
על השתלשלות הדברים סיפר כ"ץ לידיעות אחרונות: "הגעתי אל פייסל חוסייני הצגתי לו את הנושא ובקשתי עזרה חשבתי שיהיה לו בזה ענין. הסברתי לפייסל שיש תביעה , שהאוניברסיטה נבהלה מהמחקר ויוצאת חוצץ נגדו. הוא אישר את הבקשה. לא היה לי אף מוסד אחר לבקש ממנו עזרה. את הכסף קיבלתי ביד במזומן".
לדבריו, אין שום דבר פסול בכך שגורמים ברש"פ תומכים בעבודתו ומממנים את ההגנה במשפטו.
לטענתו "בקשת הסיוע היא לגיטימית ונועדה לאפשר להוציא לאור את האמת ההסטורית
על מלחמת השחרור".
פטרונו של כ"ץ, איש השמאל הקיצוני ומראשי "ההסטוריונים החדשים" ד"ר אילן פפה מאוניברסיטת חיפה, סבור כי יש צדק והגיון בפנייה לפייסל חוסייני. לטענתו "ברש"פ יש עניין בעבודה של כ"ץ. הם רצו לתרגם אותה לכמה שפות". יחד עם זאת הוא טוען כי "ההתקשרות עמם הייתה לאחר הגשת המחקר שלא נעשה מטעמם. אבל אין מחקר בעולם שאיננו משרת מישהו".
על דעתו חולק פרופ' יואב גלבר, ראש בית הספר להיסטוריה באוניברסיטת חיפה, שהיה בין המתנגדים החריפים לעבודתו של כ"ץ. לדבריו, "אני אמנם בספק אם יש משמעות אקדמית לעובדה שהוא קיבל כסף פלסטיני, זו בעיה ציבורית של מדינת ישראל. אבל הסיפור של הכסף מכניס ממד חדש לפרשה. זה לא עסק תמים. הם לא נותנים לו כסף סתם. זה חלק מהמערכה המתנהלת נגד מדינת ישראל במסגרת האינתיפאדה".
אנשי עמותת חטיבת "אלכסנדרוני" טענו כי מדובר בשקרים גסים והגישו נגדו תביעת דיבה והוצאת לשון הרע בגובה מליון שקלים.
במהלך המשפט התגלו סתירות בין העדויות שהקליט כ"ץ לצורך עבודתו לבין שילובן בעבודה עצמה.
אחד מפרקליטיו של תדי כ"ץ עו"ד אמציה אטלס המליץ לכ"ץ להגיע לפשרה עם אנשי אלכסנדרוני שבמסגרתה יפרסם התנצלות פומבית ובה יחזור בו מטענותיו כי אנשי החטיבה ביצעו טבח במקום.
כ"ץ אכן חתם על ההסכם אולם יום לאחר מכן חזר בו וסירב לפרסם את ההתנצלות בטענה שהסכם הפשרה הושג בלחץ פרקליטו בלא שהוא עצמו הפעיל מספיק שיקול דעת. כ"ץ ערער לביהמ"ש העליון על הצעת הפשרה אולם זו נדחתה. למעשה עד עצם היום הזה הסכם הפשרה עודנו בתוקף.
כ"ץ אישר כי בקיץ 2000 במהלך המשפט פנה לפייסל חוסייני וקיבל 8000 דולרים במזומן. חודש אח"כ פנה כ"ץ אל עו"ד ג'וואד בולוס המשמש כפרקליט ה"אוריינט האוס" וביקש עוד 10000 דולרים. לטענתו, סכום זה לא הגיע לידיו.
לדבריו, עם הגשת התביעה נגדו פנה לאנשי גוש שלום לידידים אישיים ואף השתמש בכסף שנאסף בערב שנערך לכבודו בתיאטרון "צוותא".אולם מאחר שנזקק לסכומים נוספים פנה בעצת ידידו לפייסל חוסייני אותו הכיר במסגרת מפגשים של אנשי שמאל קיצוני.
על השתלשלות הדברים סיפר כ"ץ לידיעות אחרונות: "הגעתי אל פייסל חוסייני הצגתי לו את הנושא ובקשתי עזרה חשבתי שיהיה לו בזה ענין. הסברתי לפייסל שיש תביעה , שהאוניברסיטה נבהלה מהמחקר ויוצאת חוצץ נגדו. הוא אישר את הבקשה. לא היה לי אף מוסד אחר לבקש ממנו עזרה. את הכסף קיבלתי ביד במזומן".
לדבריו, אין שום דבר פסול בכך שגורמים ברש"פ תומכים בעבודתו ומממנים את ההגנה במשפטו.
לטענתו "בקשת הסיוע היא לגיטימית ונועדה לאפשר להוציא לאור את האמת ההסטורית
על מלחמת השחרור".
פטרונו של כ"ץ, איש השמאל הקיצוני ומראשי "ההסטוריונים החדשים" ד"ר אילן פפה מאוניברסיטת חיפה, סבור כי יש צדק והגיון בפנייה לפייסל חוסייני. לטענתו "ברש"פ יש עניין בעבודה של כ"ץ. הם רצו לתרגם אותה לכמה שפות". יחד עם זאת הוא טוען כי "ההתקשרות עמם הייתה לאחר הגשת המחקר שלא נעשה מטעמם. אבל אין מחקר בעולם שאיננו משרת מישהו".
על דעתו חולק פרופ' יואב גלבר, ראש בית הספר להיסטוריה באוניברסיטת חיפה, שהיה בין המתנגדים החריפים לעבודתו של כ"ץ. לדבריו, "אני אמנם בספק אם יש משמעות אקדמית לעובדה שהוא קיבל כסף פלסטיני, זו בעיה ציבורית של מדינת ישראל. אבל הסיפור של הכסף מכניס ממד חדש לפרשה. זה לא עסק תמים. הם לא נותנים לו כסף סתם. זה חלק מהמערכה המתנהלת נגד מדינת ישראל במסגרת האינתיפאדה".