שר הביטחון אביגדור ליברמן החליט לעקור גם את השטחים החקלאיים בעמונה ללא כל סיבה זאת למרות שאינם כלולים בפסק הדין.
שר החינוך נפתלי בנט קרא לראש הממשלה נתניהו להפעיל את סמכותו בדחיפות ולהורות לשר הביטחון למנוע את הריסת השטחים החקלאיים בעמונה.
לדברי השר בנט, אין הכרח בהריסתם ומדובר בהקרבת שטחים שלא לצורך. הדבר לא מופיע בפסק הדין ואין כל עתירה בעניינם. ''ביום קשה בו משפחות נעקרות מביתן בגלל פסיקת בג״צ יש לנהוג בזהירות יתרה ולא באכזריות, ולא להקריב את שטחי ארץ ישראל בהתנדבות", אמר בנט.
שר החקלאות אורי אריאל פנה אל שר הביטחון אביגדור ליברמן בדרישה שיורה לאלוף פיקוד המרכז למנוע את הריסת השטחים החקלאיים. במכתבו לליברמן ציין השר אריאל כי "הוראת בג"ץ להרוס את בתי היישוב שיש עליהם צווי הריסה מנהליים, במפורש לא כללה הוראה להרוס את החקלאות". אריאל הוסיף כי "הרס החקלאות יכול להתפרש כהפרת צו שיפוטי".
ח"כ בצלאל סמוטריץ' (הבית היהודי) אמר כי "עקירת השטחים החקלאיים היא רשעות. הם לא בעתירה ולא בפסק הדין ולכן חוק ההסדרה יסדיר אותם. אסור להסכים לזה".
בלשכתו של שר הביטחון אביגדור ליברמן אומרים בתגובה כי "בניגוד לדברי השר בנט - שר הביטחון, אביגדור ליברמן, לא הורה על הריסת השטחים החקלאיים בעמונה ולא מתערב בפקודה המבצעית".
"מכיוון שתושבי עמונה הגישו השגה בנושא פינוי השטחים החקלאיים ליועץ המשפטי לאיו״ש, הנושא עבר למסלול המשפטי והסוגיה מן הסתם תיפתר בסופו של דבר בבג"ץ", אמרו בלשכת השר.
ליברמן עצמו ציין כי "כתושב נוקדים לבי נמצא בשעה קשה זו עם תושבי עמונה ואני מצפה מכל נבחרי הציבור, ובמיוחד משרי הממשלה, לאמפתיה והתחשבות במפונים ולא לנצל את מצוקת התושבים להאשמות שווא ויצירת מחלוקות בתוך עם ישראל כדי לנסות ולגרוף רווחים פוליטיים צרים. מוטב למי שמאשים עכשיו האשמות סרק לעשות חשבון נפש עם עצמו על ההבטחות ותקוות השווא שנטע בלב המתיישבים".
שר הביטחון ליברמן ביקר הבוקר בעיר אריאל, שם אמר "ליבי עם המתיישבים בעמונה. כולנו חשים חמלה והבנה למחאה השקטה שלהם, שהיא דבר טבעי. במדינה דמוקרטית הזכות הבסיסית של התושבים היא למחות ואני מקווה שכל המחאה תישאר במסגרת החוק''.
''אני מצפה מכולם לקצת חמלה וקצת הבנה כלפי המתיישבים, וגם מהמתיישבים למרות הכאב ולמרות הזעם, בכל זאת לשמור על כללי המשחק, על כללי התנהגות, כפי שאנחנו מצפים'', כך שר הביטחון.