בית המשפט לערעורים בארה"ב החליט כי בית הכנסת העתיק ביותר בארה"ב יישאר בידי הקהילה היהודית הוותיקה 'שארית ישראל'.
מזה שנים שבני משפחת מקימי בית הכנסת מנהלים סכסוך משפטי מול הקהילה היהודית המקומית. מדובר בבית כנסת הנאמד בסכום עתק. בעבר פסק בית המשפט לטובת הקהילה היהודית, אולם בני המשפחה שבו וערערו לבית המשפט לערעורים, שכאמור, דחה בימים האחרונים את ערעורם והורה להותיר את בית הכנסת העתיק בידי הקהילה היהודית.
בית הכנסת נבנה עבור הקהילה היהודית בניופורט על ידי מנהיג הקהילה יצחק דה־טורו מאמסטרדם. בית הכנסת נבנה בעזרת תרומות מקהילות יהודיות אחרות בצפון אמריקה וקהילות נוספות מהקריביים. הקהילה עצמה מקורה עוד בשנת תי"ח כאשר אנוסים ממוצא ספרדי הגיעו מספרד ומפורטוגל. בשנת תל"ז עוד לפני הקמת בית הכנסת, קנתה הקהילה חלקת אדמה לשם הקמת בית קברות.
בזמן מלחמת העצמאות האמריקאית כבשו הבריטים את ניופורט והעלו באש את כל המבנים בה. אולם בית הכנסת היהודי שבין מתפלליו נמנו דווקא המורדים, שרד. היה זה בזכות הרב ששכנע את האנגלים להשתמש בבית הכנסת כבית חולים. אגדה אורבנית מספרת כי קצין אנגלי נכנס לבית הכנסת, ראה את שלושת הכתרים שעל גבי ארון הקודש, וקרא לחיילים לחמול עליו.
עם השנים הקהילה ובית הכנסת התדרדרו ובית הכנסת נסגר, הוא נפתח מחדש רק לאחר ששני בניו של הרב יצחק דה־טורו, שהקים את בית הכנסת הורישו כספים לשיחזור בית הכנסת ולשכירת רב קבוע לקהילה. בשנת תקצ"ג נפתח בית הכנסת מחדש לאחר שיהודים חדשים הגיעו לניופורט והקימו את הקהילה מחדש, גם היהודים החדשים המשיכו את מסורת התפילה הספרדית של בית הכנסת, אם כי לאחר מכן נעשה שימוש בנוסח ספרד.
בבית הכנסת מוצב ספר תורה, מבין ספרי התורה העתיקים בעולם, שנתרם מהקהילה היהודית מאמסטרדם והוא בן 500 שנה ונכתב על עור צבי.
בשנת תש"ו הוכרז בית הכנסת וסביבתו כאתר היסטורי. בשנת תשס"א נחתם הסכם בין הקהילה לבין האגודה לאתרים היסטוריים בארצות הברית.