תנועת החמאס סופגת באחרונה לא מעט ביקורת מצידם של תומכי ואנשי הארגון בהווה ובעבר. שניים מהמבקרים, זאהר כוחייל וח'ד'ר מחג'ז, מבכירי הארגון בעבר, אף שילמו על הביקורת שהטיחו בארגון במעצר.
בדו"ח שפרסמו סביב דברי הביקורת שהוטחו בארגון במלאת עשור לשלטונו ברצועה מצטטים חוקרי מכון ממר"י את דבריהם של השניים. זאהר כוחייל, איש אקדמיה ואיש חמאס לשעבר, היה מועמד לראשות ממשלת האחדות וכיום מכהן כמזכ"ל ארגון אל-תג'מוע אל-דמוקרטי אל-פלסטיני נדאא אל-וטן', שהוא ארגון עזתי שהוקם על רקע האביב הערבי ופועל למען חופש הביטוי וסיום הפילוג בין פתח' לחמאס.
את דברי הביקורת שפרסם כתב כוחייל בעקבות תקיפתו ע"י אנשי המשטרה הצבאית בעזה ומעצרו לאחר תביעה בעניין אזרחי הנוגע להשכרת נכס כלשהו. ארגונו של כוחייל פרסם הודעת גינוי על כך שבעזה אנשי המשטרה הצבאית עקפו את מערכת המשפט האזרחית ועצרו אותו שלא כחוק.
בממר"י מספריים כי בפוסט שהעלה לדף הפייסבוק שלו והוסר לאחר מכן, פנה כוחייל אל ראש הלשכה המדינית של חמאס אסמאעיל הניה ואל חברי המועצה המחוקקת וכתב: "רבותיי, חברי המועצה המחוקקת בעזה, האח אסמאעיל הניה, רבותיי, מפקדי התנועה. אללה יגמול לכם רבות הואיל והרגתם את החוק, העלבתם את חכמי הדת... הואיל ואפשרתם השתלטות בכוח, ביטלתם את שלוש הרשויות וריכזתם אותן בגוף אחד. אני מצר על 40 שנה שבהן הכרתי אתכם... ומצר על הרס ההישג של התנועה האסלאמית ... התנהגותכם לבני האדם כבר חרגה מכל הקווים האדומים. אני מצר על כל יום שבו הייתי עצור למען התנועה על ידי היהודים ועל ידי מנגנוני הביטחון של הרש"פ ... אני מצר על העם אשר הבטחנו לו מכל טוב, ואשר החל לקבל את פני הממשלה בגידופים... אני מצר על אנשים מכובדים שהושפלו. אני מצטער על אחים לדרך במועצה המחוקקת ובתנועה שאני שמח שהוצאתי אותם מן הלקסיקון שלי ומחיי לאחר חצי מאה".
בעקבות הדברים הללו נעצר כוחייל בידי כוחות השיטור של חמאס. כאמור, דברי ביקורת חריפים שגם הם הניבו מעצר הם דבריו של הסופר ח'ד'ר מחג'ז, בכיר חמאס לשעבר, שקבע כי אין גרוע משלטון חמאס בעזה.
דבריו אלה של הסופר פורסמו באותו יום בו התפרסמו דבריו של כוחייל. בממר"י מעירים כי מחג'ז, בכיר לשעבר בתנועה היה עצור בידי מנגנוני חמאס כמה פעמים בשל ביקורתו הקשה על התנועה ועל תנועת האחים המוסלמים ואף פוטר מתפקידו באוניברסיטת עזה. בפוסט שפרסם בעמוד הפיסבוק שלו והוסר לאחר מכן קרא מחג'ז לתושבי הגדמ"ע להעדיף את שלטון הרש"פ ולא להחליפו בשלטון החמאס: "מי שחושב להחליף את השלטון בגדה המערבית, על יתרונותיו וחסרונותיו, בגיהינום אחר הדומה לזה של שליטי עזה - הריהו משוגע. אין גרוע מניסיון השלטון בעזה ואל תנסו אותו בגדה המערבית".