שני השופטים הדתיים בבית המשפט העליון שדנו בתיק המרכולים בשבת, ניל הנדל ונעם סולברג, היו בדעת מיעוט מול חמשת השופטים שאישרו את חילול השבת בתל אביב.
השופט הנדל ציין בפסק הדין כי לשבת יש חשיבות משמעותית ביותר במסורת היהודית, וכי שיקול הדעת המוקנה לרשויות המקומיות המבקשות להתיר מסחר בשבת מוגבל, "ושוב, השבת, המלכה שמדינת ישראל מחייבת את בית המשפט להגדיר את גבולות ממלכתה".
לאחר מכן, עמד השופט הנדל על החשיבות שנודעת לשבת במסורת היהודית, וציין כי היא נושאת על גבה דואליות נורמטיבית כפולה: מן הצד האחד, יש לה משמעות אוניברסלית, שכן המנוחה בה משמשת – כפי שמוזכר בתורה, בתפילות השבת ובקידוש – "זכר למעשה בראשית", ולסיום מלאכת הבריאה על ידי האל מן הצד האחר, היא נושאת אופי לאומי מובהק, ומתוארת, באותם מקורות עצמם, כ"זכר ליציאת מצרים"
לצד דו משמעות זו, מכילה השבת דואליות נוספת: היא אינה רק מצווה שבין אדם למקום, אלא גם מצווה שבין אדם לחברו – או, ליתר דיוק, בין אדם לחברו. או ליתר דיוק השבת מייצגת את השאיפה ליצור חברה אחרת, חברה של שוויון ומנוחה כדברי התורה, "למען ינוח כמוך" היא מציעה חוויה דתית המקרבת את האדם לבוראו, לצד חוויה חברתית שמפילה גדרות חברתיות ומקרבת את האדם לעצמו, כך עד לימינו, בהם הכירו אנשי רוח, כגון ח"נ ביאליק ואחד העם, במרכזיותה של השבת ביהדות וברלוונטיות המתמשכת שלה – והכרה זו באה לידי ביטוי בחקיקה ובפסקי דין של בית משפט זה".
השופט סולברג קבע כי "במצב החוקי הנוכחי אין לרשות המקומית סמכות להורות על פתיחת עסקים בשבת".השופט הוסיף כי השבת "היא התכלית שסביבה יכולים להתאחד כולם, מבלי לשלם במטבע של ויתור על אידיאולוגיה דתית או חילונית. בסוגיית השבת, במקום עוד סלע מחלוקת, עשוי השיקול החברתי-סוציאלי לשמש כאבן בניין של הסכמה".
"איסור על עבודה בשבת לפי סעיף 9א לחוק שעות עבודה ומנוחה חל ביחס לבתי מסחר, אך לא לבתי עינוג; האיסור איננו פרסונלי גרידא, אלא חל על עצם המסחר בחנות; אין בחוק ההסמכה כדי להקנות סמכות לרשות המקומית להורות על פתיחתם של בתי מסחר. גבי דידי, אפוא, דינה של העתירה לדיון נוסף – להתקבל".