סוריה הגישה בימים האחרונים תלונה למועצת הבטחון של האו"ם לפיה ישראל ניהלה מבצע מודיעיני חוצה גבולות יחד עם טורקיה וקבוצות טרור להברחת פריטי יודאיקה יקרי ערך הכוללים ספרי קודש מבית כנסת עתיק באיזור.
"הממשלה שלי מבקשת להעביר מידע מודיעיני אמין ביותר ולפיו קבוצת הטרור הפעילה באזור ג'ובר בסמוך לדמשק, שיתפה פעולה עם שירותי המודיעין הישראליים והטורקים כדי לבזוז דברי אמנות וכתבים מבית כנסת עתיק באזור", התלונן שגריר סוריה באו"ם, בשאר ג'עפרי. המכתב פורסם לראשונה ב'ידיעות אחרונות'
השגריר אף פירט כיצד הפריטים הוברחו. "הפריטים הוברחו דרך מתווכים מקומיים וזרים לאיסטנבול, שם התקבלו על ידי מומחי עתיקות שאישרו כי מדובר בפריטים עתיקים בעלי ערך רב מאוד. לאחר מכן הוברחו הפריטים לניו יורק".
"סוריה תעמוד על מימוש זכויותיה בהתאם לחוק הבינלאומי ולהחלטות מועצת הבטחון כדי להשיב אליה את נכסי התרבות הגנובים, לרבות אלו מבית הכנסת בג'ובר. למען מטרה זו, אנחנו פתוחים ומוכנים לשתף פעולה עם מחברי הדו"ח ועם אונסק"ו, ולספק את המידע הדרוש בנושא".
שגריר ישראל באו"ם, דני דנון, התייחס להאשמות, "זהו נסיון נוסף של המשטר הסורי להסיט את תשומת הלב מהזוועות הנוראיות שהוא מבצע נגד אנשיו", אמר. "העובדות הברורות הן כי בזמן שמשטר אסד ממשיך לטבוח ללא רחמים באזרחים ובילדים תמימים, ישראל ממשיכה להעניק סיוע הומניטרי לתושבים סורים ומטפלת בפצועים הסורים המגיעים לפתחה".
לפני כ-8 שנים, משפחת אשקוקה, משפחה יהודית שביקרה במקום לפני מלחמת האזרחים, צילמה תיעוד בתוך בית הכנסת, שבו תועדו כל חלקיו ותפארתו, והצליחה להבריח את התיעוד החוצה. כן שרדו מבית הכנסת תמונות שצולמו בביקור של זוג מבוגר משרידי יהודי דמשק.
לטענת הסורים, נשיא סוריה התיר את שיפוצם וחידושם של 11 בתי כנסת ברחבי סוריה שנה לאחר מכן. לדבריו, הנזק שנגרם לבית הכנסת, נעשה כולו בידי המורדים.
חלפו שנתיים נוספות ובעת קרבות בין מורדים לנאמני הנשיא בשאר אסאד, בית הכנסת נפגע מפצצות מרגמה. תחילה דווח שבית הכנסת נבזז ונהרס. המורדים והצבא הסורי האשימו זה את זה. אך מאוחר יותר פורסמו תמונות המוכיחות שבית הכנסת אמנם נפגע, אך לא נהרס, ושספרי התורה וכלי הקודש הוצאו מהמקום ושמורים במקום מסתור בידי נאמני היהודים. אולם שבוע לאחר מכן, פורסם כי בשביעי של פסח בית הכנסת נהרס עד היסוד בידי המורדים.
ב-2014 כבר פורסמו תמונות שבהן נראה בית הכנסת חרב כולו, ונטען כי הוחרב במהלך שלשת הימים הקודמים ליום הפרסום. גורמים אלמונים טענו שמדובר בהפצצה בשגגה של חיילים סורים, בנסותם לפגוע במורדים שהתכנסו בקרבת מקום.