שר הביטחון לשעבר, משה יעלון, שלח מכתב חריף ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בהקשר לפרשת הצוללות.
"אני פונה אליך בעקבות סיום חקירת משטרת ישראל את פרשה 3000 והגשת המלצותיה לפרקליטות.אין לי ספק שמדובר בפרשת השחיתות החמורה ביותר בתולדות מדינת ישראל, בה לכאורה, העדיפו אנשי ראש הממשלה בצע כסף על פני טובת המדינה, וכך צריך להתייחס אליה", פתח יעלון את מכתבו.
בהמשך הביע ביקורת קשה על מנדלבליט. "אופן ניהול החקירה מעלה בעיני שאלות קשות של ניסיון מכוון, שלא לחשוף את כל האמת בפרשה זו, שעוסקת בקודש הקודשים של ביטחון המדינה".
"אני פונה אליך כמי שכיהן בתפקיד שר הביטחון בתקופה הרלוונטית, שמכיר את השתלשלות העניינים, ושנוכח כי חלק מהמהלכים בוצעו במכוון מאחורי גבה של מערכת הביטחון. אני פונה אליך כמי שמעריך את מקצועיותך כמשפטן, וכרמטכ"ל שמינה אותך לפרקליט הצבאי הראשי. אני פונה אליך משום שבמהלך חקירת פרשת רכש הצוללות...עלו שאלות רבות שאינן נותנות לי מנוח, שאלות הקשורות בהתנהלות החקירה שהובלה על ידך", הוסיף יעלון.
במכתבו הוא גם מאשים כי "ייתכן והחקירה לא הביאה לממצאים העוברים את הרף הפלילי לגבי ראש הממשלה. לא השתכנעתי שהיה מאמץ כזה".
יעלון מעלה שורה של שאלות ומסכם, "אינני חסיד של ועדות חקירה ממלכתיות, אלא אם הגורם האחראי לא לוקח אחריות ומתפטר, או שהמערכת לא גורמת לו לשאת באחריות. נראה לי שאנחנו מתקרבים לצורך זה".