המשטרה הודפת הערב (ראשון) את הביקורת של השר לשעבר משה יעלון על חקירת פרשת הצוללות (תיק 3000) ומבהירה כי החקירה היתה מקצועית ויסודית.
"החקירה נוהלה באופן יסודי ומקצועי, מתוך מטרה אחת ויחידה של בירור האמת. הטענות לפיהן חקירת תיק 3000 הוגבלה או צומצמה על-ידי מי מבכירי מערכת אכיפת החוק היא טענת כזב, חסרת כל בסיס עובדתי''.
במשטרה דוחים את הטענות ולפיהן היועץ המשפטי לממשלה הגביל את חקירת ראש הממשלה בפרשה. ''במסגרת החקירה נגבו הודעותיהם של בכירי המדינה ומערכת הביטחון בעבר ובהווה, וכל טענה שעלתה ואשר הצדיקה העמקת הבירור - נבדקה לעומקה. אין כל שחר לטענות שמרמזות את ההיפך''.
מוקדם יותר שלח שר הביטחון לשעבר, משה יעלון, מכתב חריף ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, ובו התעקש יעלון כי שמו של נתניהו חייב להיות קשור גם בפרשת הצוללות.
"אני פונה אליך בעקבות סיום חקירת משטרת ישראל את פרשה 3000 והגשת המלצותיה לפרקליטות. אין לי ספק שמדובר בפרשת השחיתות החמורה ביותר בתולדות מדינת ישראל, בה לכאורה, העדיפו אנשי ראש הממשלה בצע כסף על פני טובת המדינה, וכך צריך להתייחס אליה", פתח יעלון את מכתבו.
בהמשך הביע ביקורת קשה על מנדלבליט. "אופן ניהול החקירה מעלה בעיני שאלות קשות של ניסיון מכוון, שלא לחשוף את כל האמת בפרשה זו, שעוסקת בקודש הקודשים של ביטחון המדינה".
"אני פונה אליך כמי שכיהן בתפקיד שר הביטחון בתקופה הרלוונטית, שמכיר את השתלשלות העניינים, ושנוכח כי חלק מהמהלכים בוצעו במכוון מאחורי גבה של מערכת הביטחון. אני פונה אליך כמי שמעריך את מקצועיותך כמשפטן, וכרמטכ"ל שמינה אותך לפרקליט הצבאי הראשי. אני פונה אליך משום שבמהלך חקירת פרשת רכש הצוללות...עלו שאלות רבות שאינן נותנות לי מנוח, שאלות הקשורות בהתנהלות החקירה שהובלה על ידך", הוסיף יעלון.
במכתבו הוא גם האשים כי "ייתכן והחקירה לא הביאה לממצאים העוברים את הרף הפלילי לגבי ראש הממשלה. לא השתכנעתי שהיה מאמץ כזה".
יעלון העלה שורה של שאלות ומסכם, "אינני חסיד של ועדות חקירה ממלכתיות, אלא אם הגורם האחראי לא לוקח אחריות ומתפטר, או שהמערכת לא גורמת לו לשאת באחריות. נראה לי שאנחנו מתקרבים לצורך זה".
בכירים במערכת אכיפת החוק הגיבו בחריפות על מכתבו של יעלון ואמרו לחדשות עשר כי ישנו "פער בין העדות הדלילה של בוגי יעלון במשטרה בתיק הצוללות לבין הדברים שאומר בתקשורת וכותב במכתב. ממש מיסטר בוגי ומר יעלון".